Propidium iodide and PicoGreen as dyes for the DNA fluorescence correlation spectroscopy measurements

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388955%3A_____%2F05%3A00000701" target="_blank" >RIV/61388955:_____/05:00000701 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Propidium iodide and PicoGreen as dyes for the DNA fluorescence correlation spectroscopy measurements

Original language description

Many experimental designs, in which nucleic acid conformational changes are of interest, require reliable fluorescence labeling. The appropriate fluorescence probe should have suitable optical properties and, more importantly, should not interfere with the investigated processes. In order to avoid chemical modifications the fluorescence label needs to be associated with nucleic acid via weak non-covalent interactions. There are a number of fluorescent probes that change their fluorescent properties (i.e. their quantum yield and/or spectral characteristics) upon association with nucleic acid. Such probes are frequently used to detect, visualize and follow processes involving nucleic acid and its conformational changes. In order to obtain reliable data regarding macromolecule or aggregate topology a detailed knowledge of probe-nucleic acid interactions on the molecular level is needed.

Czech name

Propidium-iodid a Picogreen jako sondy pro měření DNA pomocí fluorescenční korelační spektroskopie

Czech description

Při studiu konformace DNA by použitá fluorescenční sonda měla splňovat základní kriteria. Zaprvé by neměla ovlivňovat sledovaný proces. Za druhé by měla mít vhodné optické vlastnosti, tzn. že její kvantový výtěžek a spektrální charakteristika by měla zůstat nezměněna po interakci s DNA. Proto jsme se v této práci zaměřili na studium interakce DNA a dvou často používaných fluorescenčních značek, Propidium-iodidu a Picogreenu. Ukázalo se, že interakce propidium-iodidu s DNA vede ke změně konformace DNA. Navíc se propidium-iodid selektivně váže k určitým fragmentům DNA v závislosti na jeho koncentraci. Picogreen se jeví jako vhodnější sonda, neboť se váže na DNA rovnoměrně a nevykazuje žádnou koncentrační závislost.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

CF - Physical chemistry and theoretical chemistry

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2005

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Journal of Fluorescence

ISSN

1053-0509

e-ISSN

—

Volume of the periodical

15

Issue of the periodical within the volume

2

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

5

Pages from-to

179-183

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—