Stabilization energies of the hydrogen-bonded and stacked structures of nucleic acid base pairs in the crystal geometries of CG, AT, and AC DNA steps and in the NMR geometry of the 5'-d(GCGAAGC)-3' hairpin: Complete basis set calculations at the MP2 a...
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F05%3A00020898" target="_blank" >RIV/61388963:_____/05:00020898 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
Stabilization energies of the hydrogen-bonded and stacked structures of nucleic acid base pairs in the crystal geometries of CG, AT, and AC DNA steps and in the NMR geometry of the 5'-d(GCGAAGC)-3' hairpin: Complete basis set calculations at the MP2 a...
Original language description
Stabilization energies of the H-bonded and stacked structures of a DNA base pair were studied in the crystal structures of adenine-thymine, cytosine-guanine, and adenine-cytosine steps as well as in the 5'-d(GCGAAGC)-3'hairpin (utilizing the NMR geometry). The stacking accounts for a significant part of the overall stabilization. It contributes equally to the stability of DNA as does H-bonding for AT rich DNAs while in the case of GC rich DNAs it forms about one third of the total stabilization.
Czech name
Stabilizační energie vodíkově a disperzně vázaných párů bazí nukleových kyselin v krystalových geometriích a v NMR geometrii hairpinu 5'-d(GCGAAGC)-3': Výpočty v úplné bázové limitě metodami MP2 a CCSD(T)
Czech description
Byly studovány stabilizační energie vodíkově vázaných a disperzně vázaných párů bazí v geometriích vzatých z krystalových struktur i z NMR studií (5'-d(GCGAAGC)-3'hairpin). V sekvencích bohatých na adenin a thymin přispívá disperzní (stack) interakce k celkové stabilitě stejnou měrou jako vazba vodíkovými vazbami. V GC bohatých sekvencích tvoří disperzní interakce přibližně třetinu celkové interakční energie.
Classification
Type
J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
<a href="/en/project/GA203%2F05%2F0009" target="_blank" >GA203/05/0009: Structure and dynamics of DNA nitrogeneous bases, base pairs, oligonucleotides and their complexes with water, ions and drugs</a><br>
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2005
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Journal of Physical Chemistry. A
ISSN
1089-5639
e-ISSN
—
Volume of the periodical
109
Issue of the periodical within the volume
-
Country of publishing house
US - UNITED STATES
Number of pages
6
Pages from-to
1131-1136
UT code for WoS article
—
EID of the result in the Scopus database
—