On the nature of DNA - duplex stability
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F07%3A00090252" target="_blank" >RIV/61388963:_____/07:00090252 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
On the nature of DNA - duplex stability
Original language description
Experimental unwinding free energy of 128 DNA octamers was correlated with the sum of interaction energies among DNA bases and their solvation energies. The former energies were determined with the recently developed RI-DFT-D procedure. The solvation energy was determined using a C-PCM continuum solvent at HF level calculations. Various models were adopted to correlate theoretical energies with experimental unwinding free energies. The most advanced model yielded very close correlation. Analysis of thetheoretical results has shown the importance of inter- and intramolecular stacking energies, and especially the latter term plays a key role in determining the DNA duplex stabilization.
Czech name
O povaze stability dvojšroubovice DNA
Czech description
Volná energie disociace duplexu DNA, získaná experimentálně, byla srovnána s párovými interakčními energiemi bází DNA a jejich solvatační volnou energií. Interakční energie byly počítány nedávno vyvinutou metodou RI-DFT-D, solvatace pomocí dielektrickéhomodelu C-PCM. Bylo otestováno několik modelů korelujících experimentální volné energie disociace duplexu s vypočtenými energiemi. Model zahrnující všechny spočtené příspěvky je schopen velice dobře předpovídat stabilitu DNA. Rozbor výsledků navíc ukazuje relativní důležitost jednotlivých příspěvků ke stabilitě struktury DNA a ukazuje zásadní roli patrových disperzních interakcí.
Classification
Type
J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2007
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Chemistry - A European Journal
ISSN
0947-6539
e-ISSN
—
Volume of the periodical
13
Issue of the periodical within the volume
10
Country of publishing house
DE - GERMANY
Number of pages
7
Pages from-to
2983-2989
UT code for WoS article
—
EID of the result in the Scopus database
—