All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

On the nature of DNA - duplex stability

The result's identifiers

  • Result code in IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F07%3A00090252" target="_blank" >RIV/61388963:_____/07:00090252 - isvavai.cz</a>

  • Result on the web

  • DOI - Digital Object Identifier

Alternative languages

  • Result language

    angličtina

  • Original language name

    On the nature of DNA - duplex stability

  • Original language description

    Experimental unwinding free energy of 128 DNA octamers was correlated with the sum of interaction energies among DNA bases and their solvation energies. The former energies were determined with the recently developed RI-DFT-D procedure. The solvation energy was determined using a C-PCM continuum solvent at HF level calculations. Various models were adopted to correlate theoretical energies with experimental unwinding free energies. The most advanced model yielded very close correlation. Analysis of thetheoretical results has shown the importance of inter- and intramolecular stacking energies, and especially the latter term plays a key role in determining the DNA duplex stabilization.

  • Czech name

    O povaze stability dvojšroubovice DNA

  • Czech description

    Volná energie disociace duplexu DNA, získaná experimentálně, byla srovnána s párovými interakčními energiemi bází DNA a jejich solvatační volnou energií. Interakční energie byly počítány nedávno vyvinutou metodou RI-DFT-D, solvatace pomocí dielektrickéhomodelu C-PCM. Bylo otestováno několik modelů korelujících experimentální volné energie disociace duplexu s vypočtenými energiemi. Model zahrnující všechny spočtené příspěvky je schopen velice dobře předpovídat stabilitu DNA. Rozbor výsledků navíc ukazuje relativní důležitost jednotlivých příspěvků ke stabilitě struktury DNA a ukazuje zásadní roli patrových disperzních interakcí.

Classification

  • Type

    J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

  • CEP classification

    CF - Physical chemistry and theoretical chemistry

  • OECD FORD branch

Result continuities

  • Project

    Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

  • Continuities

    Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Others

  • Publication year

    2007

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data specific for result type

  • Name of the periodical

    Chemistry - A European Journal

  • ISSN

    0947-6539

  • e-ISSN

  • Volume of the periodical

    13

  • Issue of the periodical within the volume

    10

  • Country of publishing house

    DE - GERMANY

  • Number of pages

    7

  • Pages from-to

    2983-2989

  • UT code for WoS article

  • EID of the result in the Scopus database