Correlation between the thermodynamic stability of DNA duplexes and the interaction and solvation energies of DNA building blocks

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F08%3A00310559" target="_blank" >RIV/61388963:_____/08:00310559 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Correlation between the thermodynamic stability of DNA duplexes and the interaction and solvation energies of DNA building blocks

Original language description

The unwinding Gibbs energy (or duplex dissociation energy) is an important measure of the thermodynamic stability of DNA oligomers. This value can be measured experimentally or predicted by empirical models parametrised on experimental data. Our previously developed model based on accurate DFT-D calculations of interaction energies between nucleic acid bases corrected for solvation contribution. This work was successfully extended to cover variable lengths of oligomers. This model was further applied tooligomers containing inosine, an unnatural base. The results, however, are not satisfactory and it is clear that the model does not take into account all variables contributing to DNA stability.

Czech name

Korelace mezi termodynamickou stabilitou dvojšroubovice DNA a interakčními a solvatačními energiemi stavebních bloků DNA

Czech description

Gibbsova energie disociace dvojšroubovice DNA je důležité měřítko stability oligomerů DNA. Tato veličina může být měřena experimntálně, k jejímu odhadu se používají i empirické modely parametrizované na experimentální data. V předchozí práci jme vyvynulinový model založený na přesných DFT-D výpočtech intrakčních energií mezi bázemi DNA, zahrnující i opravu o solvatační volnou energii. Tato práce rozšiřuje tento model na oligomery různé délky. Model byl také aplikován na sekvence obsahující nepřírodní bázi inosin. Výsledky pro tyto sekvence nejsou uspokojivé a ukazuje se, že navržený model nezahrnuje příspěvky nutné k popisu takovýchto struktur.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

CF - Physical chemistry and theoretical chemistry

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Collection of Czechoslovak Chemical Communications

ISSN

0010-0765

e-ISSN

—

Volume of the periodical

73

Issue of the periodical within the volume

2

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

14

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000253884000003

EID of the result in the Scopus database

—