Stabilization of antibody structure upon association to a human carbonic anhydrase IX epitope studied by X-ray crystallography, microcalorimetry, and molecular dynamics simulations

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F08%3A00306923" target="_blank" >RIV/61388963:_____/08:00306923 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/68378050:_____/08:00306923 RIV/68378050:_____/08:00341221 RIV/61388963:_____/08:00341221 RIV/00216208:11310/08:10109338

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Stabilization of antibody structure upon association to a human carbonic anhydrase IX epitope studied by X-ray crystallography, microcalorimetry, and molecular dynamics simulations

Original language description

Specific antibodies interfere with the function of human tumor-associated carbonic anhydrase IX (CA IX) and show potential as tools for anticancer interventions. Correlation between structural elements and thermodynamic parameters of the association of antibody fragment Fab M75 to a peptide corresponding to its epitope in the proteoglycan-like domain of CA IX is presented. Comparisons of the crystal structures of free Fab M75 and its complex with the epitope peptide reveal major readjustments of CDR-H1and CDR-H3. In contrast, the overall conformations and positions of CDR-H2 and CDR-L2 remain unaltered, and their positively charged residues may thus present a fixed frame for epitope recognition. Adoption of the altered CDR-H3 conformation in the structure of the complex is accompanied by an apparent local stabilization. Used methods include: translation-libration-screw analysis, isothermal titration microcalorimetry, X-ray analysis, and molecular dynamics simulations.

Czech name

Stabilizace struktury protilátky po vazbě epitopu z lidské karbonické anhydrasy IX, studováno pomocí rentgenové krystalografie, mikrokalorimetrie a simulací molekulové dynamiky

Czech description

Specifické protilátky vážící se na nádorově asociovanou lidskou karbonickou anhydrasu IX (CA IX) vykazují schopnost interferovat s její biologickou funkcí a mají potenciální využití v protinádorové terapii. Prezentované výsledky srovnávají strukturních základů s termodynamickými parametry vazby Fab fragmentu protilátky M75 s peptidem tvořícím její sekvenční epitop v CA IX. Po srovnání struktury volného Fab M75 s komplexem obsahujícím zmíněný epitopový peptid se ukázalo, že při vazbě epitopu dochází k významným strukturním přeskupením v CDR-H1 a CDR-H3. Naopak celkové konformace CDR-H2 a CDR-L2 se nezměnily, v nich obsažené kladně nabité postranní aminokyselinové řetězce zřejmě tvoří fixní kostru při rozpoznání epitopu. Přechod k alternativní konformaciCDR-H3 v komplexu s epitopem je doprovázen zjevnou lokální stabilizací. Použité metody zahrnují: translation-libration-screw (TLS), izotermální titrační mikrokalorimetrii, proteinovou krystalografii a molekulově dynamické simulace.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Proteins-Structure, Function and Bioinformatics

ISSN

0887-3585

e-ISSN

—

Volume of the periodical

71

Issue of the periodical within the volume

3

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

13

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000255269200020

EID of the result in the Scopus database

—