Advanced resources for plant genomics: BAC library specific for the short arm of wheat chromosome 1B

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F06%3A00081792" target="_blank" >RIV/61389030:_____/06:00081792 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Advanced resources for plant genomics: BAC library specific for the short arm of wheat chromosome 1B

Original language description

Common wheat (Triticum aestivum L., 2n = 6x = 42) is a polyploid species possessing one of the largest genomes among the cultivated crops (1C is approximately 17 000 Mb). The presence of three homoeologous genomes (A, B and D), and the prevalence of repetitive DNA make sequencing the wheat genome a daunting task. We have developed a novel ´romosome arm-based´ rategy for wheat genome sequencing to simplify this task; this relies on sub-genomic libraries of large DNA inserts. In this paper, we used a di-telosomic line of wheat to isolate six million copies of the short arm of chromosome 1B (1BS) by flow sorting. Chromosomal DNA was partially digested with HindIII and used to construct an arm-specific BAC library. The library consists of 65 280 clones with an average insert size of 82 kb. Almost half of the library (45%) has inserts larger than 100 kb, while 18% of the inserts range in size between 75 and 100 kb, and 37% are shorter than 75 kb. We estimated the chromosome arm coverage to

Czech name

Vyspělé materiály pro genomiku rostlin: BAC knihovna specifická pro krátké rameno chromozómu 1B pšenice

Czech description

Pšenice obecná (Triticum aestivum L., 2n = 6x = 42) je polyploidní druh, který má jeden z největších genomů mezi zemědělskými plodinami (1C asi 17 000 Mb). Přítomnost tří homeologických genomů (A, B a D) a převaha repetitivní DNA činí sekvenování genomupšenice nesmírně obtížným. S cílem zjednodušit tento úkol jsme vypracovali novou strategii založenou na využití ramen chromozómů a konstrukci subgenomových knihoven DNA s velkými inzerty. V této studii jsme použili ditelosomickou linii pšenice pro izolaci šesti miliónů kopií krátkého ramene chromozómu 1B (1BS) pomocí průtokové cytometrie. DNA tříděných chromozómů byla částečně štěpena pomocí HindIII a použita pro konstrukci BAC knihovny specifické pro 1BS. Knihovna se sestává z 65280 klonů s průměrnou velikostí inzertu 82kb. Téměř polovina klonů má velikost inzertu větší než 100kb, zatímco 18% inzertů má velikost mezi 75 a 100 kb, a 37% inzertů je kratších než 75 kb. Pokrytí genomu 1BS odhadujeme na 14.5x z čehož vyplývá 99.9% pravděpod

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Plant Journal

ISSN

0960-7412

e-ISSN

—

Volume of the periodical

47

Issue of the periodical within the volume

-

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

10

Pages from-to

977-986

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—