Construction of a subgenomic BAC library specific for chromosomes 1D, 4D and 6D of hexaploid wheat

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F04%3A00002407" target="_blank" >RIV/61989592:15310/04:00002407 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/61389030:_____/04:00107470

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Construction of a subgenomic BAC library specific for chromosomes 1D, 4D and 6D of hexaploid wheat

Original language description

The analysis of the hexaploid wheat genome (Triticum aestivum L., 2n=6x=42) is hampered by its large size (16,974 Mb/1C) and presence of three homoeologous genomes (A, B and D). One of the possible strategies is a targeted approach based on subgenomic libraries of large DNA inserts. In this work, we purified by flow cytometry a total of 10(7) of three wheat D-genome chromosomes: 1D, 4D and 6D. Chromosomal DNA was partially digested with HindIII and used to prepare a specific bacterial artificial chromosome (BAC) library. The library (designated as TA-subD) consists of 87,168 clones, with an average insert size of 85 kb. Among these clones, 53% had inserts larger than 100 kb, only 29% of inserts being shorter than 75 kb. The coverage was estimated to be3.4-fold, giving a 96.5% probability of identifying a clone corresponding to any sequence on the three chromosomes. Specificity for chromosomes 1D, 4D and 6D was confirmed after screening the library pools with single-locus microsatellit

Czech name

Konstrukce subgenomické BAC knihovny specifické pro chromosomy hexaploidní pšenice 1D, 4D a 6D

Czech description

Analýza genomu hexaploidního ječmene je ztížena jeho velkou velikostí a přétomností tří homologních genomů (A,B a D). jedna z možných strategií je cílení založené na subgenomických knihovnách velkých DNA insertů. V této práci jsme pročistili pomocí průtokové cytometrie celkem 10(7) všech tří chromozomů genomu D:1D, 4D a 6D. Chromozomální DNA byůa štípána pomocí HindIII a použita pro přípravu specifické BAC-ové knihovny. Knihovna (TA-subD) obsahuje 87,168 klonů, s průměrnou velikostíinzertu 85kb. Mezi těmito inzerty jich 53% je větších než 100kb, pouze 29% je menší než 75kb. Specifita chromozomů 1D, 4D,a 6D byla potvrzena po skríningu knihovny pomocí jednolokusových mikrosatelitních markerů. Toto je druhá zpráva a konstrukci BAc knihovny za pomocí průtokovou cytometrií tříděných chromozomů.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2004

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Theorethical and Applied Genetics

ISSN

0040-5752

e-ISSN

—

Volume of the periodical

109

Issue of the periodical within the volume

7

Country of publishing house

DE - GERMANY

Number of pages

9

Pages from-to

1337-1345

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—