The architecture of the chloroplast trnH-psbA non-coding region in angiosperms

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F07%3A00099494" target="_blank" >RIV/61389030:_____/07:00099494 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

The architecture of the chloroplast trnH-psbA non-coding region in angiosperms

Original language description

The psbA-trnH intergenic region is among the most variable regions in the angiosperm chloroplast genome. It is a popular tool for plant population genetics and species level phylogenetics and has been proposed as suitable for DNA barcoding studies. Thisregion contains two parts differing in their evolutionary conservation: 1) the psbA 3?UTR (untranslated region) and 2) the psbA-trnH intergenic non-transcribed spacer. We compared the sequence and RNA secondary structure of the psbA 3' UTR across angiosperms and found consensus motifs corresponding to the stem portions of the RNA stem-loop structures and a consensus TTAGTGTATA box. The psbA-trnH spacer exhibited patterns explicable by the independent evolution of large inversions in the psbA 3?UTR and mutational hot spots in the remaining portion of the psbA-trnH spacer. We conclude that a comparison of chloroplast UTRs across a angiosperms offer clues to the identity of putative regulatory elements and information about selective const

Czech name

Architektura nekódující chloroplastové oblasti psbA-trnH u krytosemenných rostlin

Czech description

Intergenová oblast psbA-trnH v chloroplastovém genomu krytosemenných rostlin je velmi variabilní a hojně využívaná při studiu populací. Byla navržena k použití pro ?barcoding?, tedy k určování druhů podle DNA sekvence. Tato oblast obsahuje psbA 3?UTR přepisovaný úsek. Srovnali jsme sekvenci a sekundární strukturu RNA v této oblasti u krytosemenných rostlin a nalezli konzervované motivy odpovídající stonkům vlásenek dvouřetězcové RNA a konsensus sekvenci TTAGTGTATA, která nevykazovala výraznou sekundárnístrukturu. Srovnání chloroplastových UTR pomůže pomoci najít evolučně konzervované elementy a pochopit evoluci nekódujících oblastí chloroplastov0ho genomu.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/LC06004" target="_blank" >LC06004: Integration of research activities to study the plant genome</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Plant Systematics and Evolution

ISSN

0378-2697

e-ISSN

—

Volume of the periodical

268

Issue of the periodical within the volume

1-4

Country of publishing house

AT - AUSTRIA

Number of pages

22

Pages from-to

235-256

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—