Development of SSR markers for the short arm of rye chromosome 1

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F07%3A00305898" target="_blank" >RIV/61389030:_____/07:00305898 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Development of SSR markers for the short arm of rye chromosome 1

Original language description

Simple sequence repeats (SSR) are DNA sequence stretches in which a short motif (1-6 bp) is tandemly repeated. SSR gain and lose repeat units at high rates through a mutational mechanism called "DNA replication slippage" (Ellegren 2004). Primer pairs used for PCR reaction are designed for the highly conserved regions flanking the SSR, which may amplify fragments of varying length in different individuals, even within populations. Due to their ease of application, codominance and hypervariability, microsatellites have become the marker of choice in such diverse fields like genotype-identification, construction of genetic maps, QTL analysis, population-genetic studies, marker assisted selection (MAS). The main disadvantage of SSR-markers is the requiredamount of labor and the high cost for their development. A recent review from Squirell et al. (2003) estimated the necessary effort to develop ten polymorphic SSR-markers: one hundred sequenced clones and thirty tested primer pairs. These

Czech name

Fyzické mapování a funkční analýzy oblastí bohatých na geny krátkého ramene chromozómu 1 žita

Czech description

U více než tří set současných odrůd pšenice je krátké rameno chromozómu 1B nahrazeno krátkým ramenem chromozómu 1 žita (1RS). Přítomnost 1RS zvyšuje odolnost vůči řadě chorob a škůdců a zlepšuje adaptabilitu a výnos pšenice. Geny zodpovědné za tyto vlastnosti nebyly dosud izolovány. Na základě nejnovějších výsledků se předpokládá, že se nacházejí ve specifických oblastech bohatých na geny a že tyto oblasti představují jen malou část chromatinu 1RS. Cílem tohoto projektu je oblasti bohaté na geny identifikovat, určit jejich polohu na 1RS a připravit jejich fyzické mapy. Současně bude řada potenciálních genů identifikována sekvenováním cDNA a nízkokopiových sekvencí DNA z 1RS a porovnáním získaných sekvencí se známými sekvencemi DNA. Izolace cDNA z různých pletiv umožní identifikovat potenciální tkáňově specifické geny na 1RS. Vedle získání závažných poznatků budou výsledkem řešení projektu unikátní materiály, které perspektivně umožní efektivní izolaci všech genů a regulačních sekvencí

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

GE - Plant cultivation

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GA521%2F04%2F0607" target="_blank" >GA521/04/0607: Physical mapping and functional analysis of gene-rich regions of the short arm of rye chromosome 1 (1RS)</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Vorträge für Pflanzenzüchtung

ISSN

0723-7812

e-ISSN

—

Volume of the periodical

71

Issue of the periodical within the volume

-

Country of publishing house

DE - GERMANY

Number of pages

3

Pages from-to

279-281

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—