Proven technology of next-generation sequencing libraries construction for identification of DNA mutations intended for diagnostic kits

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15110%2F16%3A73597583" target="_blank" >RIV/61989592:15110/16:73597583 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Osvědčená technologie konstrukce sekvenčních knihoven nové generace pro identifikaci mutací DNA určených pro diagnostické soupravy

Original language description

Metoda slouží k přípravě sekvenační knihovny pro multiparalelní sekvenování pro použití v diagnostickém provoze formou diagnostického kitu (viz obr 1). Konkrétně metoda slouží k detekci mutací v kodonech 12, 13, 59, 61, 117, 146 v exonech 2, 3 a 4 genů KRAS a NRAS u pacientu s nádorem kolorekta. Nepřítomnost mutace v těchto pozicích je podmínkou podání léčiv, zaměřených na blokaci receptoru růstového faktoru nebo jeho regulační dráhy, jejíž součástí je protein KRAS a NRAS (např. Cetuximab a Panitumumab). Metoda slouží taky k detekci mutací v kodonu 600 genu BRAF. Mutační status BRAF vypovídá navíc o indikaci pacientů s melanomem k léčbě vemurafenibem.

Czech name

Osvědčená technologie konstrukce sekvenčních knihoven nové generace pro identifikaci mutací DNA určených pro diagnostické soupravy

Czech description

Metoda slouží k přípravě sekvenační knihovny pro multiparalelní sekvenování pro použití v diagnostickém provoze formou diagnostického kitu (viz obr 1). Konkrétně metoda slouží k detekci mutací v kodonech 12, 13, 59, 61, 117, 146 v exonech 2, 3 a 4 genů KRAS a NRAS u pacientu s nádorem kolorekta. Nepřítomnost mutace v těchto pozicích je podmínkou podání léčiv, zaměřených na blokaci receptoru růstového faktoru nebo jeho regulační dráhy, jejíž součástí je protein KRAS a NRAS (např. Cetuximab a Panitumumab). Metoda slouží taky k detekci mutací v kodonu 600 genu BRAF. Mutační status BRAF vypovídá navíc o indikaci pacientů s melanomem k léčbě vemurafenibem.

Type

Z_tech - Verified technology

CEP classification

—

OECD FORD branch

10608 - Biochemistry and molecular biology

Project

<a href="/en/project/TE02000058" target="_blank" >TE02000058: Center of competence for molecular diagnostics and personalized medicine</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2016

Confidentiality

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Internal product ID

fastRAS technologie

Numerical identification

V006

Technical parameters

Základním parametrem je specificita a senzitivita (dosažené hodnoty 100% a 100%) metody pro genotypizaci onkomarkrů (BRAF, KRAS, NRAS), které byly v rámci validace ověřeny na sadě 36 vzorků v porovnání s referenční akreditovanou metodou předchozí generace a taky v porovnání se známým statusem referenčních vzorků. Výsledky získané pomocí technologie jsou taky reprodukovatelné a opakovatelné. Dalším důležitým parametrem je čas celkového zpracování (příprava sekvenační knihovny, sekvenování a zpracování dat), který je do 24 h. Výsledek je zatím využíván interně na ÚMTM LF UPOL buď v rámci akreditované rutinní diagnostiky RAS mutací, nebo pro výzkumné účely v rámci vybraných projektu.

Economical parameters

Technologie fastRAS pro prípravu sekvenační knihovny pro genotyzaci nebyla zatím licencováná i když byla predstavěna potencionálním zájemncím. Zatím je technologie používaná interne na ústave molekulární a translační medicíny, kde byla uspěšne použita na desítkách běhu a stovkách pacientských vzorků . Technologie nahradila verzi 1 (shortRAS) a verzi2 (shortRAS) a postupně se rozširuje portfolio vyšetrovaných markru touto technologii. Použitím nové generace technologie verze3 dochází k 38% úsporám nákladů na chemikálie. V objemu vzorků cca 200 ročně se jedná o celkově ušetřenou sumu cca 150 t. Kč. Současně se snížil čas zpracování výsledku o 24 hodin, což je zvýšení komfortu služeb a určitý klinický benefit pro pacienta, který může přinést zvýšení efektivity procesu onkoléčby a práce onkologa. Čas zpracování vzorku v laboratoři (hands on time) jsme snížili 5.5x násobně, co vede k úsporám personálních nákladů resp. možnosti využití času laborantkami na jiné požadované činnosti.

Application category by cost

—

Owner IČO

—

Owner name

Univerzita Palackého v Olomouci

Owner country

CZ - CZECH REPUBLIC

Usage type

A - K využití výsledku jiným subjektem je vždy nutné nabytí licence

Licence fee requirement

N - Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek

Web page

—