Genotyping of KRAS, NRAS and BRAF by Fast Massively Parallel Sequencing (NGS fastRAS)
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15110%2F17%3A73597653" target="_blank" >RIV/61989592:15110/17:73597653 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Genotypizace KRAS, NRAS a BRAF rychlým masivně paralelním sekvenováním (NGS fastRAS)
Original language description
FastRAS postup slouží pro rychlou přípravu sekvenační knihovny potřebné pro genotypizaci genů KRAS, NRAS (kodony 12, 13, 59, 61, 117, 146) a BRAF (kodon 600). Informace o mutačním statusu těchto genů je vyžadována pro indikaci správné terapie metastazujících kolorektálních nádorů léčivy panitumumab anebo cetuximab a případně pro prognózu onemocnění. Mutační status BRAF vypovídá navíc o indikaci pacientů s melanomem k léčbě vemurafenibem. Postup je navržen tak, aby bylo možné zpracovat paralelně až 18 vzorků (16 vyšetření a 2 kontrolní vzorky DNA) a následně je sekvenovat v jednom sekvenačním běhu na přístroji Illumina MiSeq. Masivní paralelní sekvenování umožnuje sekvenovat všechny požadované úseky DNA se sekvenačním pokrytím v rádu tisíců pro každý vzorek a metoda je proto vysoce citlivá a dokáže odhalit somatickou mutaci nacházející se ve vzorku ve frekvenci od 1%, příp. od 5%.
Czech name
Genotypizace KRAS, NRAS a BRAF rychlým masivně paralelním sekvenováním (NGS fastRAS)
Czech description
FastRAS postup slouží pro rychlou přípravu sekvenační knihovny potřebné pro genotypizaci genů KRAS, NRAS (kodony 12, 13, 59, 61, 117, 146) a BRAF (kodon 600). Informace o mutačním statusu těchto genů je vyžadována pro indikaci správné terapie metastazujících kolorektálních nádorů léčivy panitumumab anebo cetuximab a případně pro prognózu onemocnění. Mutační status BRAF vypovídá navíc o indikaci pacientů s melanomem k léčbě vemurafenibem. Postup je navržen tak, aby bylo možné zpracovat paralelně až 18 vzorků (16 vyšetření a 2 kontrolní vzorky DNA) a následně je sekvenovat v jednom sekvenačním běhu na přístroji Illumina MiSeq. Masivní paralelní sekvenování umožnuje sekvenovat všechny požadované úseky DNA se sekvenačním pokrytím v rádu tisíců pro každý vzorek a metoda je proto vysoce citlivá a dokáže odhalit somatickou mutaci nacházející se ve vzorku ve frekvenci od 1%, příp. od 5%.
Classification
Type
N<sub>metC</sub> - Methodology certified by the authorised body
CEP classification
—
OECD FORD branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
Result continuities
Project
<a href="/en/project/TE02000058" target="_blank" >TE02000058: Center of competence for molecular diagnostics and personalized medicine</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2017
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
C_SOP_10/b
Regulation ID
211/2017
Technical parameters
Základním parametrem je specificita a senzitivita (dosažené hodnoty 100% a 100%) metody, která byly v rámci validace ověřeny na sadě 36 vzorků v porovnaní s referenční akreditovanou metodou předchozí generace. Dalším důležitým parametrem je čas celkového zpracování (příprava sekvenační knihovny, sekvenování a zpracování dat), který je do 24 h. Výsledek je zatím využíván interně na ÚMTM LF UPOL buď v rámci akreditované rutinní diagnostiky RAS mutací,nebo pro výzkumné účely v rámci vybraných projektu. Osvědčení o akreditaci: 597/2019
Economical parameters
Použitím nové metodiky dochází k 38% úsporám nákladů na chemikálie. V objemu vzorků cca 200 ročně se jedná o celkově ušetřenou sumu cca 150 t. Kč. Současně se snížil čas zpracování výsledku o 24 hodin, což je zvýšení komfortu služeb a určitý klinický benefit pro pacienta, který může přinést zvýšení efektivity procesu onkoléčby a práce onkologa. Čas zpracování vzorku v laboratoři (hands on time) jsme snížili 5.5x násobně, co vede k úsporám personálních nákladů resp. možnosti využití času laborantkami na jiné požadované činnosti.
Certification body designation
Český institut pro akreditaci, o.p.s., Olšanská 54/3, Praha
Date of certification
—
Method of use
A - Výsledek využívá pouze poskytovatel