Options of collecting, analyzing and managing of SNP data

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62156489%3A43210%2F19%3A43916686" target="_blank" >RIV/62156489:43210/19:43916686 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/00027014:_____/19:N0000180

Result on the web

<a href="https://digi.profipress.cz/katalog/detail/nas-chov" target="_blank" >https://digi.profipress.cz/katalog/detail/nas-chov</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Možnosti sběru, analýzy a správy SNP dat

Original language description

Cílem práce bylo navrhnout optimální systém výběru zvířat, sběru zdrojů DNA, analýzy vzorků DNA a zjistit možnosti využití systému pro správu velkého rozsahu SNP dat pro potřeby genotypizace zvířat a následného genomického hodnocení. Jako zdroj dat byly použity reálná SNP z již probíhajícího systému genotypizace zvířat v rámci Národního programu pro šlechtění prasat - CzePig a simulovaná SNP. Reálná data představovala SNP genotypy získané analýzou DNA 24 zvířat, za pomoci PorcineSNP60 v2 BeadChips firmy Illumina s deklarovanými 64 232 SNP. Byla posouzena vhodnost standardních biologických zdrojů DNA: nesrážlivá krev, tkáň ucha, štětinové cibulky, stěr z nozder rypáku a sperma. Následně proběhlo porovnání vhodnosti vybraných metod izolace DNA: metoda precipitační, metoda CHELEX, metoda silikátové kolonky, metoda magnetosilikové partikule. Zvířata zařazená do analýzy DNA byla vybrána na základě jejich plemene a počtu potomků hodnocených v kontrole užitkovosti. Reálná data byla zpracována pomocí programu PUNK a příkazů v programu R-project. Simulovaná SNP byla generována za pomoci programu PLINK pro celkově 20 tisíc zvířat každý s počtem 64 232 SNP (resp. 10 000 SNP) ve dvou základních formátech dat. Celková velikost souboru reálných dat byla 233 MB (64K čip u 24 zvířat). Jako nejoptimálnější zdroj DNA co do jednoduchosti sběru, neinvazivnosti, pracnosti, nároků na uchování vzorků, resp. rizika znehodnocení vzorku se jeví štětinové cibulky. Jako nevhodný zdroj pro izolaci DNA u prasat byly vyhodnoceny nazální stěry. Metoda izolace DNA metodou magnetosilikové partikule se jeví jako nejoptimálnější ve vztahu k různým zdrojům DNA. Velikost souboru fiktivních dat byla až 4 GB. Pro management SNP dat byl použit program TheSNPpit. Rychlost ukládání dat se pohybovala kolem 90 milionů SNP za sekundu.

Czech name

Možnosti sběru, analýzy a správy SNP dat

Czech description

Cílem práce bylo navrhnout optimální systém výběru zvířat, sběru zdrojů DNA, analýzy vzorků DNA a zjistit možnosti využití systému pro správu velkého rozsahu SNP dat pro potřeby genotypizace zvířat a následného genomického hodnocení. Jako zdroj dat byly použity reálná SNP z již probíhajícího systému genotypizace zvířat v rámci Národního programu pro šlechtění prasat - CzePig a simulovaná SNP. Reálná data představovala SNP genotypy získané analýzou DNA 24 zvířat, za pomoci PorcineSNP60 v2 BeadChips firmy Illumina s deklarovanými 64 232 SNP. Byla posouzena vhodnost standardních biologických zdrojů DNA: nesrážlivá krev, tkáň ucha, štětinové cibulky, stěr z nozder rypáku a sperma. Následně proběhlo porovnání vhodnosti vybraných metod izolace DNA: metoda precipitační, metoda CHELEX, metoda silikátové kolonky, metoda magnetosilikové partikule. Zvířata zařazená do analýzy DNA byla vybrána na základě jejich plemene a počtu potomků hodnocených v kontrole užitkovosti. Reálná data byla zpracována pomocí programu PUNK a příkazů v programu R-project. Simulovaná SNP byla generována za pomoci programu PLINK pro celkově 20 tisíc zvířat každý s počtem 64 232 SNP (resp. 10 000 SNP) ve dvou základních formátech dat. Celková velikost souboru reálných dat byla 233 MB (64K čip u 24 zvířat). Jako nejoptimálnější zdroj DNA co do jednoduchosti sběru, neinvazivnosti, pracnosti, nároků na uchování vzorků, resp. rizika znehodnocení vzorku se jeví štětinové cibulky. Jako nevhodný zdroj pro izolaci DNA u prasat byly vyhodnoceny nazální stěry. Metoda izolace DNA metodou magnetosilikové partikule se jeví jako nejoptimálnější ve vztahu k různým zdrojům DNA. Velikost souboru fiktivních dat byla až 4 GB. Pro management SNP dat byl použit program TheSNPpit. Rychlost ukládání dat se pohybovala kolem 90 milionů SNP za sekundu.

Type

J_ost - Miscellaneous article in a specialist periodical

CEP classification

—

OECD FORD branch

40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology

Project

<a href="/en/project/QK1910217" target="_blank" >QK1910217: Creation of a reference population and development of methods for estimating genomic breeding values of pig traits included into the Czech National Breeding Program.</a><br>

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2019

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Náš chov

ISSN

0027-8068

e-ISSN

—

Volume of the periodical

79

Issue of the periodical within the volume

11

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

4

Pages from-to

31-34

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—