Comparative analysis of genetic diversity in Prunus L. as revealed by RAPD and SSR markers

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62156489%3A43510%2F06%3A00092407" target="_blank" >RIV/62156489:43510/06:00092407 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Comparative analysis of genetic diversity in Prunus L. as revealed by RAPD and SSR markers

Original language description

RAPD and SSR markers were used for genetic diversity evaluations among 15 genotypes selected from the genus Prunus L. Altogether 40 RAPD primers and 21 primer pairs designated for microsatellite loci were applied on the whole group of genotypes. The RAPDprimers and SSR loci with the highest degree of observed polymorphism were selected. Three approaches were used to generate DNA-based genetic markers--RAPD, SSR with separations on PAGE, SSR with separations on MetaPhor agarose. An analysis of each approach was statistically summarized and the obtained parameters were compared. On the basis of the data obtained by individual methods, the relevant dendrograms of genetic similarities among genotypes were constructed. The Mantel tests between individual similarity matrices showed a statistically significant correlation between the RAPD- and SSR-based similarities if computed for the whole group of analyzed genotypes. Correlations hugely decrease in the case of a parallel analysis of a low

Czech name

Analýza genetické diverzity v rámci vybraných genotypů rodu Prunus pomocí metod RAPD a SSR

Czech description

Pro analýzu genetické diverzity bylo použito celkem 40 RAPD a 21 SSR markerů. Byly vybrány RAPD primery poskytující nejvyšší máru polymorfizmu. Genetické markery byly připraveny pomocí tří přístupů - RAPD, SSR při separaci na agaróze Metaphor a SSR při separaci na polakrylamidovém gelu. Byly porovnány výsledky získané na základě aplikace těchto tří přístupů. Vzhled dendrogramu genetické podobnosti se teoretickým předpokaldů nejvíce blížil v případě RAPD metody.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Scientia Horticulturae

ISSN

0304-4238

e-ISSN

—

Volume of the periodical

108

Issue of the periodical within the volume

3

Country of publishing house

NL - THE KINGDOM OF THE NETHERLANDS

Number of pages

7

Pages from-to

253-259

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—