Escherichia coli ST131 virotype E: comprehensive genomic analysis of a highly clonal multidrug-resistant lineage and its spread in the environment

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62157124%3A16270%2F24%3A43881618" target="_blank" >RIV/62157124:16270/24:43881618 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/62157124:16810/24:43881618

Result on the web

<a href="https://www.vetuni.cz/o-univerzite/vyzkum-vyvoj-rozvoj/vyzkumne-projekty/iga-vfu-brno" target="_blank" >https://www.vetuni.cz/o-univerzite/vyzkum-vyvoj-rozvoj/vyzkumne-projekty/iga-vfu-brno</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Escherichia coli ST131 virotyp E: komplexní genomická analýza vysoce klonální multirezistentní linie a jejího šíření v prostředí

Original language description

Neustále se zvyšující antibiotická rezistence bakterií představuje rozsáhlý problém nejen v oblasti humánní a veterinární medicíny, ale také v případě volně žijících zvířat a životního prostředí. Gramnegativní bakterie, včetně Escherichia coli, představují rozsáhlou skupinu rezistentních mikroorganismů kolonizujících různá prostředí. E. coli sekvenční typ (ST) 131 patří mezi celosvětově rozšířené klonální linie multirezistentních kmenů. Tato linie je z velké části zodpovědná za vznik nozokomiálních nákaz, ale také za infekce drůbeže a domácích zvířat. Vysoká míra výskytu konjugativních plazmidů zvyšuje pravděpodobnost šíření genů rezistence i virulence, a vede k tomu, že je v dnešní době tento ST hlavní linií zodpovědnou za šíření širokospektrých beta-laktamáz.Mimo běžné fylogenetické skupiny A, B, C0, C1 a C2 je možné ST131 rozdělovat do virotypů A, B, C, D, E a F charakterizovaných vybranými faktory virulence. V našem projektu se zaměřujeme na virotyp E, který je asociován s fylogenetickou skupinou C2. Skupina virotypu E se vyznačuje poměrně vysokou klonalitou, a to jak mezi izoláty získanými z jednoho zdroje, tak mezi izoláty pocházejícími z různých prostředí. U izolátů nalezených u pacientů s infekcemi močových cest se také často vyskytuje genomický ostrov pheU, na kterém se obvykle nachází gen cnf1 zodpovědný za produkci cytotoxického nekrotizujícího faktoru spolu s operonem hlyCABD zapříčiňujícího produkci toxinů ze skupiny hemolysinů. U tohoto genomického ostrova je často diskutován přenos mezi různými kmeny E. coli za pomoci konjugativních IncF plazmidů. Objevena byla také přítomnost arc operonu pro utilizaci argininu ohraničeného inzerčními sekvencemi, díky nimž je tento operon podobně jako výše zmíněné geny nejčastěji přenášen na konjugativních IncF plazmidech.

Czech name

Escherichia coli ST131 virotyp E: komplexní genomická analýza vysoce klonální multirezistentní linie a jejího šíření v prostředí

Czech description

Neustále se zvyšující antibiotická rezistence bakterií představuje rozsáhlý problém nejen v oblasti humánní a veterinární medicíny, ale také v případě volně žijících zvířat a životního prostředí. Gramnegativní bakterie, včetně Escherichia coli, představují rozsáhlou skupinu rezistentních mikroorganismů kolonizujících různá prostředí. E. coli sekvenční typ (ST) 131 patří mezi celosvětově rozšířené klonální linie multirezistentních kmenů. Tato linie je z velké části zodpovědná za vznik nozokomiálních nákaz, ale také za infekce drůbeže a domácích zvířat. Vysoká míra výskytu konjugativních plazmidů zvyšuje pravděpodobnost šíření genů rezistence i virulence, a vede k tomu, že je v dnešní době tento ST hlavní linií zodpovědnou za šíření širokospektrých beta-laktamáz.Mimo běžné fylogenetické skupiny A, B, C0, C1 a C2 je možné ST131 rozdělovat do virotypů A, B, C, D, E a F charakterizovaných vybranými faktory virulence. V našem projektu se zaměřujeme na virotyp E, který je asociován s fylogenetickou skupinou C2. Skupina virotypu E se vyznačuje poměrně vysokou klonalitou, a to jak mezi izoláty získanými z jednoho zdroje, tak mezi izoláty pocházejícími z různých prostředí. U izolátů nalezených u pacientů s infekcemi močových cest se také často vyskytuje genomický ostrov pheU, na kterém se obvykle nachází gen cnf1 zodpovědný za produkci cytotoxického nekrotizujícího faktoru spolu s operonem hlyCABD zapříčiňujícího produkci toxinů ze skupiny hemolysinů. U tohoto genomického ostrova je často diskutován přenos mezi různými kmeny E. coli za pomoci konjugativních IncF plazmidů. Objevena byla také přítomnost arc operonu pro utilizaci argininu ohraničeného inzerčními sekvencemi, díky nimž je tento operon podobně jako výše zmíněné geny nejčastěji přenášen na konjugativních IncF plazmidech.

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

—

OECD FORD branch

10606 - Microbiology

Project

—

Continuities

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2024

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

SBORNÍK PŘÍSPĚVKŮ z výsledků řešení projektů IGA VETUNI Brno 2024 financovaných z prostředků účelové podpory na specifický vysokoškolský výzkum MŠMT na rok 2024

ISBN

978-80-7305-974-3

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

4

Pages from-to

66-69

Publisher name

Veterinární univerzita Brno

Place of publication

Brno

Event location

Brno

Event date

Dec 11, 2024

Type of event by nationality

CST - Celostátní akce

UT code for WoS article

—