Comparative genomics of Escherichia coli ST131 isolates of human, veterinary and environmental origin from the Czech Republic

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62157124%3A16270%2F23%3A43880828" target="_blank" >RIV/62157124:16270/23:43880828 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/62157124:16810/23:43880828

Result on the web

<a href="https://www.vetuni.cz/files/upload/733/KMVP" target="_blank" >https://www.vetuni.cz/files/upload/733/KMVP</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Komparativní genomika izolátů Escherichia coli ST131 humánního, veterinárního a environmentálního původu z České republiky

Original language description

Escherichia coli sekvenčního typu ST131 je multirezistentní klonální linie vysoké epidemiologické relevance. Cílem této studie bylo prozkoumat genetickou strukturu velké sbírky izolátů pocházející z různých zdrojů a provést fylogenetickou analýzu k vyhodnocení jejich vztahů. Provedli jsme celogenomové sekvenování 898 izolátů ST131 z lidí, životního prostředí, divoké zvěře, potravinářských zvířat a zájmových zvířat získaných v České republice v letech 2005-2021. Izoláty byly přiřazeny k ST a byly hodnoceny obsažené geny rezistence na antibiotika, faktory virulence a plazmidové replikony. Fylogenetická analýza v kombinaci s charakterizací genů fimH a blaCTX-M umožnila kategorizaci do kladů A, B, C0, C1 a C2. Celkově jsme detekovali 72,4 % izolátů nesoucí variantu blaCTX-M odpovědnou za rezistenci vůči beta-laktamovým antibiotikům. Většina izolátů patřila do kladu C (804/898), přičemž C1 (262/898) a C2 (528/898) vykazovaly vysokou klonalitu. Čtyřicet devět izolátů patřilo do kladu A a ty z lidí a vzorků vody byly spojeny s plazmidy podobnými pUTI89 (F29:A-:B10) nalezenému v patogenních bakteriích z infekcí močových cest. Přítomnost různé plazmidy F-typu byly detekovány ve všech izolátech bez ohledu na asociaci kladů.

Czech name

Komparativní genomika izolátů Escherichia coli ST131 humánního, veterinárního a environmentálního původu z České republiky

Czech description

Escherichia coli sekvenčního typu ST131 je multirezistentní klonální linie vysoké epidemiologické relevance. Cílem této studie bylo prozkoumat genetickou strukturu velké sbírky izolátů pocházející z různých zdrojů a provést fylogenetickou analýzu k vyhodnocení jejich vztahů. Provedli jsme celogenomové sekvenování 898 izolátů ST131 z lidí, životního prostředí, divoké zvěře, potravinářských zvířat a zájmových zvířat získaných v České republice v letech 2005-2021. Izoláty byly přiřazeny k ST a byly hodnoceny obsažené geny rezistence na antibiotika, faktory virulence a plazmidové replikony. Fylogenetická analýza v kombinaci s charakterizací genů fimH a blaCTX-M umožnila kategorizaci do kladů A, B, C0, C1 a C2. Celkově jsme detekovali 72,4 % izolátů nesoucí variantu blaCTX-M odpovědnou za rezistenci vůči beta-laktamovým antibiotikům. Většina izolátů patřila do kladu C (804/898), přičemž C1 (262/898) a C2 (528/898) vykazovaly vysokou klonalitu. Čtyřicet devět izolátů patřilo do kladu A a ty z lidí a vzorků vody byly spojeny s plazmidy podobnými pUTI89 (F29:A-:B10) nalezenému v patogenních bakteriích z infekcí močových cest. Přítomnost různé plazmidy F-typu byly detekovány ve všech izolátech bez ohledu na asociaci kladů.

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

—

OECD FORD branch

10606 - Microbiology

Project

—

Continuities

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Publication year

2023

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

XXV. konference mladých vědeckých pracovníků s mezinárodní účastí: Sborník příspěvků

ISBN

978-80-7305-928-6

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

4

Pages from-to

55-58

Publisher name

Veterinární univerzita Brno

Place of publication

Brno

Event location

Brno

Event date

May 24, 2023

Type of event by nationality

EUR - Evropská akce

UT code for WoS article

—