All-exogenous sequencing and expression profiling as a diagnostic basis for the creation of individualized treatment plans for children with solid tumors
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F18%3A00069445" target="_blank" >RIV/65269705:_____/18:00069445 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/437.pdf" target="_blank" >https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/437.pdf</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Celoexomové sekvenování a expresní profilování jako diagnostický podklad pro tvorbu individualizovaných léčebných plánů pro děti se solidními nádory
Original language description
Východiska: Výzkum nových léčebných postupů v onkologii je dnes motivován především snahou o vývoj a registraci nových léků pro onemocnění dospělého věku. Mechanizmus jejich působení je však u většiny tzv. cílených léků relevantní i pro nádory u dětí. Nezbytnou podmínkou pro efektivní terapii je především porozumění biologii nádoru a jeho adekvátní molekulárně bio logická charakterizace. Spolu s histopatologickým nálezem představují klíčový krok ve výběru "správné terapie pro správného pacienta". Cílem naší studie je ověření vhodnosti využití celoexomového sekvenování a expresního profilování jako diagnostického podkladu pro tvorbu individualizovaných léčebných plánů pro děti s vysoce rizikovými solidními nádory. Materiál a metody: U dětských pacientů s vysoce rizikovými solidními nádory bylo provedeno celoexomové sekvenování (WES), RNA sekvenování (fúzní geny) a transkriptomové profilování. WES byl proveden za použití kitu TruSeq DNA Exome, kazety NextSeq 500/ 550 Mid Output a přístroje NextSeq (Illumina). Vstupním materiálem byla DNA z periferní krve a DNA ze vzorku tumoru. Analyzován byl tedy germinální i somatický exom. Detekce fúzí byla provedena pomocí TruSight RNA Pan-Cancer (Illumina). Transkriptomové profilování bylo provedeno za použití Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0. ST Array (Thermofisher Scientific). Ze všech analýz byly vypracovány podrobné protokoly a výsledky diskutovány v rámci multioborového indikačního panelu. Výsledky: Od ledna 2017 do února 2018 byl WES proveden u 60 pacientů, u 48 z nich bylo také provedeno transkriptomové profilování. U 21 pacientů (35 %) byla nalezena terapeuticky cílitelná (actionable) mutace s popsanou onkogenní, či nádorově supresorovou funkcí. U 9 pacientů s tumory CNS byla navíc detekována prognostická mutace. U 1 pacienta s glioblastomem odhalil WES dvě zárodečné mutace v genu PMS2 způsobující bialelický mismatch repair deficiency syndrom. Spolu se zjištěním extrémně vysoké mutační nálože oba výsledky potvrdily nasazení imunoterapie. Klinicky významná genové fúze byla detekována u 11 pacientů z 26 vyšetřovaných (42 %). Úspěšně vyhodnocená transkriptomová data podpořila možné funkční dopady identifikovaných mutací ve významných genech. Na základě této molekulární charakterizace byl celkem u 20 dětí vytvořen individualizovaný léčebný plán. Závěr: Naše data prokazují, že molekulární diagnostika založená na WES a transkriptomovém profilování je cenným nástrojem pro plánování individualizované terapie v dětské onkologii.
Czech name
Celoexomové sekvenování a expresní profilování jako diagnostický podklad pro tvorbu individualizovaných léčebných plánů pro děti se solidními nádory
Czech description
Východiska: Výzkum nových léčebných postupů v onkologii je dnes motivován především snahou o vývoj a registraci nových léků pro onemocnění dospělého věku. Mechanizmus jejich působení je však u většiny tzv. cílených léků relevantní i pro nádory u dětí. Nezbytnou podmínkou pro efektivní terapii je především porozumění biologii nádoru a jeho adekvátní molekulárně bio logická charakterizace. Spolu s histopatologickým nálezem představují klíčový krok ve výběru "správné terapie pro správného pacienta". Cílem naší studie je ověření vhodnosti využití celoexomového sekvenování a expresního profilování jako diagnostického podkladu pro tvorbu individualizovaných léčebných plánů pro děti s vysoce rizikovými solidními nádory. Materiál a metody: U dětských pacientů s vysoce rizikovými solidními nádory bylo provedeno celoexomové sekvenování (WES), RNA sekvenování (fúzní geny) a transkriptomové profilování. WES byl proveden za použití kitu TruSeq DNA Exome, kazety NextSeq 500/ 550 Mid Output a přístroje NextSeq (Illumina). Vstupním materiálem byla DNA z periferní krve a DNA ze vzorku tumoru. Analyzován byl tedy germinální i somatický exom. Detekce fúzí byla provedena pomocí TruSight RNA Pan-Cancer (Illumina). Transkriptomové profilování bylo provedeno za použití Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0. ST Array (Thermofisher Scientific). Ze všech analýz byly vypracovány podrobné protokoly a výsledky diskutovány v rámci multioborového indikačního panelu. Výsledky: Od ledna 2017 do února 2018 byl WES proveden u 60 pacientů, u 48 z nich bylo také provedeno transkriptomové profilování. U 21 pacientů (35 %) byla nalezena terapeuticky cílitelná (actionable) mutace s popsanou onkogenní, či nádorově supresorovou funkcí. U 9 pacientů s tumory CNS byla navíc detekována prognostická mutace. U 1 pacienta s glioblastomem odhalil WES dvě zárodečné mutace v genu PMS2 způsobující bialelický mismatch repair deficiency syndrom. Spolu se zjištěním extrémně vysoké mutační nálože oba výsledky potvrdily nasazení imunoterapie. Klinicky významná genové fúze byla detekována u 11 pacientů z 26 vyšetřovaných (42 %). Úspěšně vyhodnocená transkriptomová data podpořila možné funkční dopady identifikovaných mutací ve významných genech. Na základě této molekulární charakterizace byl celkem u 20 dětí vytvořen individualizovaný léčebný plán. Závěr: Naše data prokazují, že molekulární diagnostika založená na WES a transkriptomovém profilování je cenným nástrojem pro plánování individualizované terapie v dětské onkologii.
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
—
OECD FORD branch
30204 - Oncology
Result continuities
Project
<a href="/en/project/NV16-33209A" target="_blank" >NV16-33209A: Genome-wide expression profiling and mutation analysis as the diagnostic basis for personalized pediatric cancer treatment plans: a feasibility study</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2018
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů