Detection of fusion genes in patients with chronic lymphocytic leukemia with complex chromosomal rearrangements

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F19%3A00070592" target="_blank" >RIV/65269705:_____/19:00070592 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/451.pdf" target="_blank" >https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/451.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Detekce fúzních genů u pacientů s chronickou lymfocytární leukemií s komplexními chromozomálními přestavbami

Original language description

Východiska: U řady nádorových onemocnění byly pozorovány komplexní chromozomální přestavby, označované jako chromothripse. Při jejich vzniku dochází k rozpadu chromozomů na malé fragmenty a k jejich nepřesnému seskládání zpět, v důsledku čehož mohou vznikat aberantní genové fúze s potenciálně onkogenními vlastnostmi. Na studium chromothripse jsme se zaměřili u chronické lymfocytární leukemie (CLL), nejčastější leukemie dospělých v západním světě. Cílem práce bylo popsat přestavby chromozomů, identifikovat de novo genové fúze a provést jejich experimentální validaci. Studovali jsme přesnou lokalizaci a charakter zlomů a jejich vliv na expresi příslušných genů. Materiál a metody: Vstupním materiálem pro všechny experimenty byly vzorky periferní krve. Po separaci B lymfocytů nebo mononukleárních buněk byla izolována DNA, která byla použita pro analýzu chromothripse cytogenetickými čipy CytoScan HD (Thermo Fisher Scientific), a dále RNA, která byla využita pro RNA sekvenování pomocí TruSeq(R) Stranded Total RNA kit s deplecí ribozomální RNA (Illumina). Validace detekovaných fúzí byla provedena z cDNA připravené SuperScriptem II (Invitrogen) s následnou PCR se specificky navrženými primery. PCR produkty byly sekvenovány klasickým sekvenováním a získané sekvence byly porovnány oproti referenční sekvenci lidského genomu. Výsledky: Pomocí cytogenetických čipů jsme identifikovali 20 CLL pacientů s chromothripsí. U 10 z nich jsme provedli sekvenování transkriptomu a detekovali jsme celkem 15 kandidátních fúzních variant, které jsme následně ověřovali. Fúze zahrnovaly geny uplatňující se při fyziologických buněčných procesech a mohou souviset s nádorovou transformací či zhoršením průběhu CLL. Dvě z 15 fúzí sestávaly z &gt; 2 genů. Nezávislým sekvenováním cDNA jsme prokázali přítomnost 7 z 15 očekávaných fúzí; další 3 fúze obsahovaly geny identifikované sekvenováním transkriptomu, avšak s odlišnými zlomovými místy. Zbývajících 5 genových fúzí dosud nebylo potvrzeno. Při srovnání s dostupnými databázemi proteinů jsme zjistili, že 4 z 10 validovaných fúzí by mohly vést ke vzniku aberantních proteinů. Závěr: Naše výsledky ukazují, že u CLL vznikají v důsledku chromothripse aberantní fúzní varianty, avšak většina nevede ke vzniku funkčního proteinu. Lze proto předpokládat, že většina zlomů při chromothripsi vede k inaktivaci zasažených genů.

Czech name

Detekce fúzních genů u pacientů s chronickou lymfocytární leukemií s komplexními chromozomálními přestavbami

Czech description

Východiska: U řady nádorových onemocnění byly pozorovány komplexní chromozomální přestavby, označované jako chromothripse. Při jejich vzniku dochází k rozpadu chromozomů na malé fragmenty a k jejich nepřesnému seskládání zpět, v důsledku čehož mohou vznikat aberantní genové fúze s potenciálně onkogenními vlastnostmi. Na studium chromothripse jsme se zaměřili u chronické lymfocytární leukemie (CLL), nejčastější leukemie dospělých v západním světě. Cílem práce bylo popsat přestavby chromozomů, identifikovat de novo genové fúze a provést jejich experimentální validaci. Studovali jsme přesnou lokalizaci a charakter zlomů a jejich vliv na expresi příslušných genů. Materiál a metody: Vstupním materiálem pro všechny experimenty byly vzorky periferní krve. Po separaci B lymfocytů nebo mononukleárních buněk byla izolována DNA, která byla použita pro analýzu chromothripse cytogenetickými čipy CytoScan HD (Thermo Fisher Scientific), a dále RNA, která byla využita pro RNA sekvenování pomocí TruSeq(R) Stranded Total RNA kit s deplecí ribozomální RNA (Illumina). Validace detekovaných fúzí byla provedena z cDNA připravené SuperScriptem II (Invitrogen) s následnou PCR se specificky navrženými primery. PCR produkty byly sekvenovány klasickým sekvenováním a získané sekvence byly porovnány oproti referenční sekvenci lidského genomu. Výsledky: Pomocí cytogenetických čipů jsme identifikovali 20 CLL pacientů s chromothripsí. U 10 z nich jsme provedli sekvenování transkriptomu a detekovali jsme celkem 15 kandidátních fúzních variant, které jsme následně ověřovali. Fúze zahrnovaly geny uplatňující se při fyziologických buněčných procesech a mohou souviset s nádorovou transformací či zhoršením průběhu CLL. Dvě z 15 fúzí sestávaly z &gt; 2 genů. Nezávislým sekvenováním cDNA jsme prokázali přítomnost 7 z 15 očekávaných fúzí; další 3 fúze obsahovaly geny identifikované sekvenováním transkriptomu, avšak s odlišnými zlomovými místy. Zbývajících 5 genových fúzí dosud nebylo potvrzeno. Při srovnání s dostupnými databázemi proteinů jsme zjistili, že 4 z 10 validovaných fúzí by mohly vést ke vzniku aberantních proteinů. Závěr: Naše výsledky ukazují, že u CLL vznikají v důsledku chromothripse aberantní fúzní varianty, avšak většina nevede ke vzniku funkčního proteinu. Lze proto předpokládat, že většina zlomů při chromothripsi vede k inaktivaci zasažených genů.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

30205 - Hematology

Project

<a href="/en/project/NV15-31834A" target="_blank" >NV15-31834A: Selection of genomic defects in chronic lymphocytic leukemia and their impact on disease outcome</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2019

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů