Characterization of gene aberrations in adult patients with PH-negative acute lymphoblastic leukemia

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F19%3A00070597" target="_blank" >RIV/65269705:_____/19:00070597 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/451.pdf" target="_blank" >https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/451.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Charakterizace genových aberací u dospělých pacientů s PH-negativní akutní lymfoblastickou leukemií

Original language description

Východiska: Akutní lymfoblastická leukemie (ALL) představuje biologicky a klinicky heterogenní onemocnění. Ph-negativní ALL (BCR/ABL negativní) vychází z prekurzorů B lymfocytů a vyskytuje se zhruba u 20 % pacientů v dospělém věku. Mezi vysoce rizikovou podskupinu patří Ph-like ALL, která se vyznačuje nepříznivou prognózou pacientů a krátkou dobou přežití. Genové aberace detekované u těchto pacientů jsou asociovány s poruchami signálních drah JAK/STAT, Ras, Ikaros a ABL. Jedná se o různé jednonukleotidové varianty (SNV), řadu fúzních genů, ale také přestavby zahrnující varianty v počtu kopií (CNV). Cílem této studie bylo charakterizovat genetické pozadí u skupiny dospělých pacientů s Ph-negativní ALL z Fakultní nemocnice Brno. Metody: Molekulárně genetická analýza byla provedena u 43 dospělých pacientů s Ph-negativní ALL ze vzorků periferní krve nebo kostní dřeně na úrovni DNA a RNA. Analýza byla zaměřena na detekci: 1) sekvenčních variant asociovaných s onemocněním ALL pomocí sekvenování nové generace (NGS) (56 genů) a Sangerova sekvenování; 2) CNV vč. delecí v IKZF1 genu metodou MLPA; 3) P2RY8-CRLF2 fúzního genu pomocí RT-PCR a qPCR; 4) fúzních transkriptů pomocí NGS. Současně byla u všech pacientů sledovaná hodnota minimální reziduální nemoci před prvním konsolidačním cyklem (11. týden). Výsledky: Vyšetřovaná kohorta byla zastoupena mladými dospělými (37,2 %; věk 15-39 let), dospělými (32,6 %; věk 40-59 let) a staršími osobami (30,2 %; věk 60-75 let). Souhrnně byly genové aberace identifikovány u 43 % pacientů. Po NGS analýze 56 genů pro ALL byly detekovány vzácné, často subklonální patogenní varianty v genech pro JAK2, NRAS, PAG1, RB1, FLT3, TP53, RUNX1, CRLF2, IL2RB a BIRC. Téměř u poloviny pacientů byly charakterizovány CNV v genech pro IKZF1, PAX5, ETV6, RB1, BTG1, EBF1, CDKN2A, CDKN2B a v PAR1 regionu (CRLF2, CSF2RA a IL3RA). Nejčastěji se vyskytovala delece v IKZF1 genu (20,9 %), přičemž u přibližně poloviny z nich se vyskytovala skupina IKZF1plus, která je definována společným výskytem delece IKZF1 a delece v genech CDKN2A, CDKN2B, PAX5 nebo v PAR1 regionu. Přítomnost fúzního genu P2RY8/CRLF2 byla identifikována u 16,4 % pacientů. NGS analýza pro detekci fúzních genů byla provedena zatím u čtyř pacientů s pozitivním záchytem fúzního genu EP300-ZNF384. Závěr: Získané výsledky vedly k nastavení pilotního protokolu pro rutinní molekulárně genetickou diagnostiku u Ph-negativních dospělých pacientů.

Czech name

Charakterizace genových aberací u dospělých pacientů s PH-negativní akutní lymfoblastickou leukemií

Czech description

Východiska: Akutní lymfoblastická leukemie (ALL) představuje biologicky a klinicky heterogenní onemocnění. Ph-negativní ALL (BCR/ABL negativní) vychází z prekurzorů B lymfocytů a vyskytuje se zhruba u 20 % pacientů v dospělém věku. Mezi vysoce rizikovou podskupinu patří Ph-like ALL, která se vyznačuje nepříznivou prognózou pacientů a krátkou dobou přežití. Genové aberace detekované u těchto pacientů jsou asociovány s poruchami signálních drah JAK/STAT, Ras, Ikaros a ABL. Jedná se o různé jednonukleotidové varianty (SNV), řadu fúzních genů, ale také přestavby zahrnující varianty v počtu kopií (CNV). Cílem této studie bylo charakterizovat genetické pozadí u skupiny dospělých pacientů s Ph-negativní ALL z Fakultní nemocnice Brno. Metody: Molekulárně genetická analýza byla provedena u 43 dospělých pacientů s Ph-negativní ALL ze vzorků periferní krve nebo kostní dřeně na úrovni DNA a RNA. Analýza byla zaměřena na detekci: 1) sekvenčních variant asociovaných s onemocněním ALL pomocí sekvenování nové generace (NGS) (56 genů) a Sangerova sekvenování; 2) CNV vč. delecí v IKZF1 genu metodou MLPA; 3) P2RY8-CRLF2 fúzního genu pomocí RT-PCR a qPCR; 4) fúzních transkriptů pomocí NGS. Současně byla u všech pacientů sledovaná hodnota minimální reziduální nemoci před prvním konsolidačním cyklem (11. týden). Výsledky: Vyšetřovaná kohorta byla zastoupena mladými dospělými (37,2 %; věk 15-39 let), dospělými (32,6 %; věk 40-59 let) a staršími osobami (30,2 %; věk 60-75 let). Souhrnně byly genové aberace identifikovány u 43 % pacientů. Po NGS analýze 56 genů pro ALL byly detekovány vzácné, často subklonální patogenní varianty v genech pro JAK2, NRAS, PAG1, RB1, FLT3, TP53, RUNX1, CRLF2, IL2RB a BIRC. Téměř u poloviny pacientů byly charakterizovány CNV v genech pro IKZF1, PAX5, ETV6, RB1, BTG1, EBF1, CDKN2A, CDKN2B a v PAR1 regionu (CRLF2, CSF2RA a IL3RA). Nejčastěji se vyskytovala delece v IKZF1 genu (20,9 %), přičemž u přibližně poloviny z nich se vyskytovala skupina IKZF1plus, která je definována společným výskytem delece IKZF1 a delece v genech CDKN2A, CDKN2B, PAX5 nebo v PAR1 regionu. Přítomnost fúzního genu P2RY8/CRLF2 byla identifikována u 16,4 % pacientů. NGS analýza pro detekci fúzních genů byla provedena zatím u čtyř pacientů s pozitivním záchytem fúzního genu EP300-ZNF384. Závěr: Získané výsledky vedly k nastavení pilotního protokolu pro rutinní molekulárně genetickou diagnostiku u Ph-negativních dospělých pacientů.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

30204 - Oncology

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2019

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů