Analysis of long non-coding RNAs in glioblastoma multiforme tissue and their association with overall survival

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F19%3A00070607" target="_blank" >RIV/65269705:_____/19:00070607 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/451.pdf" target="_blank" >https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/451.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Analýza dlouhých nekódujících RNA v tkáni multiformního glioblastomu a jejich asociace s celkovým přežíváním

Original language description

Východiska: Multiformní glioblastom (GBM) je nejčastějším primárním nádorem astrocytárního původu, charakterizován velmi nepříznivou prognózou a mediánem celkového přežívání (OS) pacientů jen přibližně 12-16 měsíců od stanovení diagnózy i navzdory dostupné konvenční terapii. Identifikace nových terapeutických cílů a prognostických a prediktivních biomarkerů pro preciznější stratifikaci pacientů je tedy mimořádně důležitá. Dlouhé nekódující RNA (lncRNA), regulátory genové exprese hrající roli ve fyziologických i patofyziologických procesech, jsou jedinými z vhodných kandidátů ke studiu. Materiál a metody: Naše studie zahrnovala 222 pacientů s GBM a 29 pacientů s intraktabilní epilepsií, kterým byla odebrána mozková tkáň z nedominantních předních temporálních kortexů bez dysplastických změn v rámci epileptochirurgického výkonu. Informovaný souhlas schválený lokální etickou komisí byl obdržen od každého pacienta. RNA (RIN &gt; 8) z 77 vzorků byla použita pro sekvenování nové generace (RNA-Seq). Následně bylo statisticky hodnocených 8 414 lncRNA a jejich sekvenčních variant s nenulovým RPKM (počet čtení na kilobázi na milion mapovaných čtení) alespoň v 1 vzorku. Pro mapování sekvencí na referenční genom a součet čtení byl využit CLC genomic workbench. Vybrané signifikantně dysregulované lncRNA mezi GBM a nenádorovými kontrolami byly analyzovány v nové kohortě 188 vzorků pomocí qRT-PCR a expresní data normalizovaná na expresi PPIA pak byla hodnocena pomocí Mann-Whitneyho analýzy. Výsledky: Statistická analýza odhalila 538 (p &lt; 0,001) dysregulovaných lncRNA. Exprese 10 vybraných lncRNA se sníženou expresí (SNAI3-AS1, LINC00882, RFPL1S, MIR137HG, TTLL7-IT1, PWAR6, LINC00634, LINC00632, DGCR5, LINC00982; logFC LESS-THAN OR EQUAL TO MINUS SIGN 2; p &lt; 0,001) a 1 lncRNA se zvýšenou expresí v GBM (BTN2A3P; logFC GREATER-THAN OR EQUAL TO 2; p &lt; 0,001) byla úspěšně validována pomocí qRT-PCR (p &lt; 0,0001). Statistická analýza odhalila taktéž 22 signifikatně dysregulovaných lncRNA mezi pacienty s OS &lt; 12 měsíců a pacienty s OS GREATER-THAN OR EQUAL TO 12 měsíců. Závěr: Pozorovali jsme signifikantní dysregulaci řady lncRNA v tkáni GBM v porovnání s nenádorovými kontrolami na základě RNA-Seq i qRT-PCR a nalezli 22 dysregulovaných lncRNA v souvislosti s celkovým přežíváním pacientů s GBM. Naše studie naznačuje, že lncRNA by mohly sloužit jako slibné diagnostické a prognostické biomarkery u GBM.

Czech name

Analýza dlouhých nekódujících RNA v tkáni multiformního glioblastomu a jejich asociace s celkovým přežíváním

Czech description

Východiska: Multiformní glioblastom (GBM) je nejčastějším primárním nádorem astrocytárního původu, charakterizován velmi nepříznivou prognózou a mediánem celkového přežívání (OS) pacientů jen přibližně 12-16 měsíců od stanovení diagnózy i navzdory dostupné konvenční terapii. Identifikace nových terapeutických cílů a prognostických a prediktivních biomarkerů pro preciznější stratifikaci pacientů je tedy mimořádně důležitá. Dlouhé nekódující RNA (lncRNA), regulátory genové exprese hrající roli ve fyziologických i patofyziologických procesech, jsou jedinými z vhodných kandidátů ke studiu. Materiál a metody: Naše studie zahrnovala 222 pacientů s GBM a 29 pacientů s intraktabilní epilepsií, kterým byla odebrána mozková tkáň z nedominantních předních temporálních kortexů bez dysplastických změn v rámci epileptochirurgického výkonu. Informovaný souhlas schválený lokální etickou komisí byl obdržen od každého pacienta. RNA (RIN &gt; 8) z 77 vzorků byla použita pro sekvenování nové generace (RNA-Seq). Následně bylo statisticky hodnocených 8 414 lncRNA a jejich sekvenčních variant s nenulovým RPKM (počet čtení na kilobázi na milion mapovaných čtení) alespoň v 1 vzorku. Pro mapování sekvencí na referenční genom a součet čtení byl využit CLC genomic workbench. Vybrané signifikantně dysregulované lncRNA mezi GBM a nenádorovými kontrolami byly analyzovány v nové kohortě 188 vzorků pomocí qRT-PCR a expresní data normalizovaná na expresi PPIA pak byla hodnocena pomocí Mann-Whitneyho analýzy. Výsledky: Statistická analýza odhalila 538 (p &lt; 0,001) dysregulovaných lncRNA. Exprese 10 vybraných lncRNA se sníženou expresí (SNAI3-AS1, LINC00882, RFPL1S, MIR137HG, TTLL7-IT1, PWAR6, LINC00634, LINC00632, DGCR5, LINC00982; logFC LESS-THAN OR EQUAL TO MINUS SIGN 2; p &lt; 0,001) a 1 lncRNA se zvýšenou expresí v GBM (BTN2A3P; logFC GREATER-THAN OR EQUAL TO 2; p &lt; 0,001) byla úspěšně validována pomocí qRT-PCR (p &lt; 0,0001). Statistická analýza odhalila taktéž 22 signifikatně dysregulovaných lncRNA mezi pacienty s OS &lt; 12 měsíců a pacienty s OS GREATER-THAN OR EQUAL TO 12 měsíců. Závěr: Pozorovali jsme signifikantní dysregulaci řady lncRNA v tkáni GBM v porovnání s nenádorovými kontrolami na základě RNA-Seq i qRT-PCR a nalezli 22 dysregulovaných lncRNA v souvislosti s celkovým přežíváním pacientů s GBM. Naše studie naznačuje, že lncRNA by mohly sloužit jako slibné diagnostické a prognostické biomarkery u GBM.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

30204 - Oncology

Project

<a href="/en/project/NV18-03-00398" target="_blank" >NV18-03-00398: Extension of established prognostic scores in brain metastases by microRNA profiling to tailor the post-operative personalized care</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2019

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů