The use of multiplex PCR systems in the detection of pneumonia in patients not only with COVID-19

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F21%3A00075197" target="_blank" >RIV/65269705:_____/21:00075197 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://www.prolekare.cz/casopisy/transfuze-hematologie-dnes/archiv-cisel/2021-supplementum-2" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/casopisy/transfuze-hematologie-dnes/archiv-cisel/2021-supplementum-2</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Využití multiplex PCR systémů v detekci původců pneumonií u pacientů nejen s COVID-19

Original language description

Úvod: Pneumonie jsou jednou z nejčastějších infekčních komplikací a u imunokompromitovaných pacientů. Cílem této studie je posoudit přínos multiplexní tandemové PCR (MT-PCR) pro rychlou identifikaci původců infekcí bronchoalveolárních vzorků (BAL). Soubor pacientů s hematologickými malignitami byl vzhledem k aktuální epidemiologické situaci doplněn o pacienty hospitalizované se závažným průběhem onemocnění Covid-19, u kterých bylo podezření na sekundární infekci. Metody: Mezi 01/2019 a 5/2021 bylo odebráno 287 vzorků BAL od 232 pacientů léčených na onkologických odděleních (n = 120) a oddělení intenzivní medicíny (n = 167), které byly rutinně testovány metodami &quot;zlatého standardu&quot; (kultivace, sérologie, real-time PCR) indikovanými cíleně podle klinických příznaků, nálezu na RTG/HRCT, předchozí profylaxe atd. Všechny vzorky byly testovány také pomocí 4 MT-PCR testů, které společně detekují 5 bakteriálních rodů, 20 bakteriálních druhů, 7 druhů kvasinek a plísní a 18 různých virů. Výsledky: Signifikantní záchyt patogena (nad 50 000 kopií/ml BAL) byl zaznamenán ve 165 vzorcích, včetně významné nálože SARSCoV-2 ve 46 vzorcích. Nejčastěji (kromě SARS-CoV-2) byla detekována tato agens: enterobakterie (21x), H. infl uenzae (15x), S. aureus (9x), A. fumigatus (9x) a HSV-1 (9x). Mezi neobvyklé detekované patogeny patřil metapneumovirus (4x), M. tuberculosis (2x), C. neoformans (2x), M. pneumoniae (2x). Pro posouzení významnosti nálezu pro stanovení diagnózy budou výsledky detekce korelovány s kultivací a detekcí sérologických markerů a prezentovány. Závěr: Včasné zahájení účinné antimikrobiální terapie je zásadní pro prognózu pacientů s pneumonií. Dobrá korelace výsledků MT-PCR se standardními mikrobiologickými metodami ukazuje, že diagnostika založená na MT-PCR je velmi přesná a může být použita jako rychlý screeningový test pro široké spektrum potenciálních infekčních agens. Přestože cílem MT-PCR není poskytnout kvantitativní výsledky, pozorovali jsme dobrou korelaci detekované nálože patogenů s rutinně používanou (RQ) -RT-PCR.

Czech name

Využití multiplex PCR systémů v detekci původců pneumonií u pacientů nejen s COVID-19

Czech description

Úvod: Pneumonie jsou jednou z nejčastějších infekčních komplikací a u imunokompromitovaných pacientů. Cílem této studie je posoudit přínos multiplexní tandemové PCR (MT-PCR) pro rychlou identifikaci původců infekcí bronchoalveolárních vzorků (BAL). Soubor pacientů s hematologickými malignitami byl vzhledem k aktuální epidemiologické situaci doplněn o pacienty hospitalizované se závažným průběhem onemocnění Covid-19, u kterých bylo podezření na sekundární infekci. Metody: Mezi 01/2019 a 5/2021 bylo odebráno 287 vzorků BAL od 232 pacientů léčených na onkologických odděleních (n = 120) a oddělení intenzivní medicíny (n = 167), které byly rutinně testovány metodami &quot;zlatého standardu&quot; (kultivace, sérologie, real-time PCR) indikovanými cíleně podle klinických příznaků, nálezu na RTG/HRCT, předchozí profylaxe atd. Všechny vzorky byly testovány také pomocí 4 MT-PCR testů, které společně detekují 5 bakteriálních rodů, 20 bakteriálních druhů, 7 druhů kvasinek a plísní a 18 různých virů. Výsledky: Signifikantní záchyt patogena (nad 50 000 kopií/ml BAL) byl zaznamenán ve 165 vzorcích, včetně významné nálože SARSCoV-2 ve 46 vzorcích. Nejčastěji (kromě SARS-CoV-2) byla detekována tato agens: enterobakterie (21x), H. infl uenzae (15x), S. aureus (9x), A. fumigatus (9x) a HSV-1 (9x). Mezi neobvyklé detekované patogeny patřil metapneumovirus (4x), M. tuberculosis (2x), C. neoformans (2x), M. pneumoniae (2x). Pro posouzení významnosti nálezu pro stanovení diagnózy budou výsledky detekce korelovány s kultivací a detekcí sérologických markerů a prezentovány. Závěr: Včasné zahájení účinné antimikrobiální terapie je zásadní pro prognózu pacientů s pneumonií. Dobrá korelace výsledků MT-PCR se standardními mikrobiologickými metodami ukazuje, že diagnostika založená na MT-PCR je velmi přesná a může být použita jako rychlý screeningový test pro široké spektrum potenciálních infekčních agens. Přestože cílem MT-PCR není poskytnout kvantitativní výsledky, pozorovali jsme dobrou korelaci detekované nálože patogenů s rutinně používanou (RQ) -RT-PCR.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

30204 - Oncology

Project

—

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2021

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů