9MrBayes: a program for the Bayesian estimation of phylogeny

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985831%3A_____%2F07%3A00087858" target="_blank" >RIV/67985831:_____/07:00087858 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

9MrBayes: a program for the Bayesian estimation of phylogeny

Original language description

9MrBayes is a program for the Bayesian estimation of phylogeny. It was inspired by the original MrBayes program, introduced in "Ronquist, F. and J. P. Huelsenbeck. 2003. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics 19:1572-1574." Bayesian inference of phylogeny is based upon a quantity called the posterior probability distribution of trees, which is the probability of a tree conditioned on the observations. The conditioning is accomplished using Bayes's theorem. The posterior probability distribution of trees is impossible to calculate analytically; instead, MrBayes uses a simulation technique called Markov chain Monte Carlo (or MCMC) to approximate the posterior probabilities of trees. The program was originally written at Huelsenbeck Lab, and redesigned and rewritten for Plan 9 OS by the present author.

Czech name

9MrBayes: program pro bayesovský odhad fylogeneze

Czech description

9MrBayes je prgram pro Bayesovský odhad fylogeneze. Byl inspirován původním programem ?MrBayes? ("Ronquist, F. and J. P. Huelsenbeck. 2003. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics 19:1572-1574."). Bayesovské odvozenífylogeneze je založeno na veličině zvané ?posteriorní rozdělení pravděpodobností fylogenetických stromů?, což je podmíněná pravděpodobnost výskytu fylogenetického stromu za daných dat. Podmíměnost je dána Bayesovým teorémem, a není vyjádřitelná analyticky: místo toho používá program simulační techniku MCMC k aproximaci posteriorních pravděpodobností. Program byl původně naplsán v Huelsenbeckově laboratoři, a nyní je kompletně přepsán a znovu navržen tak, aby pracoval pod distribuovaným operačním systémem Plan 9, který je následníkem UNIXu pro zasíťované prostředí.

Type

X - Unclassified

CEP classification

EG - Zoology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GA205%2F03%2F1124" target="_blank" >GA205/03/1124: Biochronology and taxonomy of the Middle Devonian polycystine Radiolaria of the Barrandian</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů