TrnL-trnF intergenetic spacer and trnL intron define major clades within Luzula and Juncus (Juncaceae): Importance of structural mutations

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985939%3A_____%2F04%3A00109822" target="_blank" >RIV/67985939:_____/04:00109822 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

TrnL-trnF intergenetic spacer and trnL intron define major clades within Luzula and Juncus (Juncaceae): Importance of structural mutations

Original language description

Seven hundred fifty-two to one thousand ninety-seven base pairs of the trnL intron and trnL-trnF intergenetic spacer of the chloroplast DNA of 55 Juncaceae taxa (Juncus, Luzula, Rostkovia, and Oxychloë) was sequenced. The "Southern Hemisphere clade" wasstrongly supported by a unique insertion (334 bp) in the trnL intron. The monophyly of Luzula was supported by three small (< 10 bp) indels in the trnL-F spacer. A tandemly duplicated tRNA pseudogene was found in the Juncus subgenus Juncus species and issupported by four small unique indels too. Only the Juncus sections Ozophyllum and Iridifolii contain the 5´acceptor stem, tRNAF encoding DNA. The structural mutations in the trnL intron and the trnF intergenic spacer are useful for phylogenetic reconstruction in the Juncaceae.

Czech name

Intergenický spacer trnL-trnF a trnL intron definují hlavní vývojové větvě v rodech Luzula a Juncus (Juncaceae): Význam strukturních mutací

Czech description

752 až 1097 párů bází trnL intronu a trnL-trnF intergenického spaceru chloroplastové DNA bylo sekvenováno u 55 taxonů čeledi Juncaceae (Juncus, Luzula, Oxychloe, Rostkovia). Pozoruhodná vývojová větev s taxony z jižní polokoule byla výrazně odlišena sdílenou insercí (334bp) v oblasti intronu. Monofyletický status rodu Luzula byl podpořen třemi krátkými (<10bp) indelů v oblasti spaceru. Tandemovou duplikací vzniklý tRNA pseudogen charakterizuje, spolu se čtyřmi dalšími indely, Juncus subg. Juncus. Strukturní mutace v oblasti trnL intronu a trnL-trnF intergenického spaceru chloroplastové DNA se ukazují jako velmi užitečné pro fylogenetickou rekonstrukci v rámci čeledi Juncaceae.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EF - Botany

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2004

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Journal of Molecular Evolution

ISSN

0022-2844

e-ISSN

—

Volume of the periodical

59

Issue of the periodical within the volume

-

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

10

Pages from-to

1-10

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—