Supernetwork identifies multiple events of plastid trnF(GAA) pseudogene evolution in the Brassicaceae

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985939%3A_____%2F07%3A00082961" target="_blank" >RIV/67985939:_____/07:00082961 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/00216224:14310/07:00019410

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Supernetwork identifies multiple events of plastid trnF(GAA) pseudogene evolution in the Brassicaceae

Original language description

We describe the first large-scale supernetwork for the Brassiccaeae built from gene trees for 5 loci (adh, chs, matK, trnL-F, and ITS) and report multiple independent origins for trnF pseudogenes in crucifers. Length variation of the trnL-F intergenic spacer region in different taxa ranges from 219 to 900 bp as a result of differences in pseudocopy number (1?14). It is speculated that functional constraints favor 2?3 or 5?6 copies, as found in Arabidopsis and Boechera. The phylogenetic distribution of microstructural changes for the trnL-F region supports ancient patterns of divergence in crucifer evolution for some but not all gene loci.

Czech name

Evoluce plastidového pseudogenu trnF(GAA) v čeledi Brassicaceae

Czech description

V článku je popsán fylogenetický vztah mezi druhy čeledi Cruciferae, založený na vývojových stromech vytvořených ze sekvencí adh, chs, matK, trnL-F a ITS. Je doložen opakovaný a nezávislý vnik trnL-F pseudogenů v této čeledi. Oblast duplikovaného původního trnL-F genu obsahuje několik motivů, které jsou se již nepodobají původnímu genu. Jednotlivé druhy obsahují 1-14 kopií tohoto genu, i když s ohledem na funkční omezení je opřednostňován počet 2-3 nebo 5-6, podobně jako v rodech Arabidopsis a Boechera.Struktura trnL-F naznačuje, jak probíhala počáteční fylogenetická diferenciace čeledi.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EF - Botany

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Molecular Biology and Evolution

ISSN

0737-4038

e-ISSN

—

Volume of the periodical

24

Issue of the periodical within the volume

1

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

11

Pages from-to

63-73

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—