All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Online software for species distribution modeling in Czechia

The result's identifiers

  • Result code in IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985939%3A_____%2F19%3A00522921" target="_blank" >RIV/67985939:_____/19:00522921 - isvavai.cz</a>

  • Result on the web

    <a href="https://predikce.ibot.cas.cz/" target="_blank" >https://predikce.ibot.cas.cz/</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

Alternative languages

  • Result language

    angličtina

  • Original language name

    Online software for species distribution modeling in Czechia

  • Original language description

    Online software for species distribution modelling (SDM) especially aiming on bryophytes and lichens in Czechia. Using scripting platform R (R Core Team 2016) package caret (Kuhn 2008) software returns two SDMs based on linear regression and random forest algorithms. Based on models, software returns the prediction map of potential habitat suitability for target species. Predictions are based on environmental data form CzechGrids d-base created by Institute of botany in 2018. There are climatic, topographic, landscape and forest data available. Output maps have cell size of 10 m, covering whole Czechia or its subset. The map is grid/raster in GeoTiff format of coordinate reference system EPSG:32633. Output is ready to be used in GIS software. DaLiBor_predict2019 has online graphical user interface, iterative task communicates with a user via emails providing model evaluations and asking for user inputs in prediction.

  • Czech name

  • Czech description

Classification

  • Type

    R - Software

  • CEP classification

  • OECD FORD branch

    10611 - Plant sciences, botany

Result continuities

  • Project

    <a href="/en/project/TH02030644" target="_blank" >TH02030644: System for predictive distribution modelling of endangered bryophytes and lichens applied in nature conservation</a><br>

  • Continuities

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Others

  • Publication year

    2019

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data specific for result type

  • Internal product ID

    DaLiBor_predict2019

  • Technical parameters

    Online software využívající programovací jazyk R. Aplikace běží v Docker kontejneru odvozeném od image rocker/r-ver dostupného na DockerHubu, tento je založený na Debian Linux a obsahuje stable verzi R. Kontejner beží jako služba na vnitřní síti Botanického ústavu, pomocí R balíčku Plumber (Trestle Technology 2017) poskytuje své služby formou REST API. Veřejné rozhraní je obsluhováno PHP aplikací založené na frameworku Nette. Obsahuje webový formulář pro sběr dat od uživatele, zajištuje uložení vstupních dat tasku do databáze a řídí frontu výpočetních úloh posílaných na predikční API. Uživatel je o dokončení tasku nebo jeho části notifikován od UI emailem. Zdrojový kód a technická dokumentace: https://github.com/manmatej/DaLiBor_predict2019

  • Economical parameters

    Software podléhá licenci Creative Commons, což je open-source licence a je tedy poskytován volně včetně zdrojových kódů. Běh uživatelských úloh je zajišťován bezplatně ve výpočetní infrastruktuře Botanického ústavu, ale je snadné jej implementovat na jakémkoli adekvátním hardware.

  • Owner IČO

    67985939

  • Owner name

    Botanický ústav AV ČR, v. v. i.