Towards a better understanding of the unusual conformations of the alternating guanine-adenine repeat strands of DNA

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F07%3A00080793" target="_blank" >RIV/68081707:_____/07:00080793 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Towards a better understanding of the unusual conformations of the alternating guanine-adenine repeat strands of DNA

Original language description

Alternating guanine-adenine strands of DNA are known to form unusual structures in aqueous solution. The present work is focused on properties of (G-bromo8A)10, (bromo8G-A)10, (G-7deaza8azaA)10, and (7deaza8azaG-A)10. These modified DNAs were chosen because the bulky bromine atom in position 8 fixes the purine nucleotides in the unusual syn glycosidic orientation and because the 7deaza8aza analogs are unable to pair in the Hoogsteen manner. The studies showed that the syn glycosidic orientation of dA residues promoted the neutral homoduplex whereas the syn orientation of dG was incompatible with the homoduplex. In addition, Hoogsteen pairing of dA seemed to be a crucial property of the homoduplex whereas dG did not pair in this way. The situation was the same in both single-stranded conformers with the dG residues. On the other hand, the presence of N7 was important with dA but its syn geometry was not favorable.

Czech name

K lepšímu porozumění neobvyklých struktur řetězců DNA tvořených střídavou sekvencí guaninu a adeninu

Czech description

Řetězce DNA tvořené střídavou sekvencí guaninu a adeninu jsou známy tvorbou neobvyklých struktur ve vodných roztocích. V této práci jsme se zaměřili na vlastnosti (G-bromo8A)10, (bromo8G-A)10, (G-7deaza8azaA)10, a (7deaza8azag-A)10. Takto modifikované báze byly vybrány proto, že velký bromidový atom v poloze 8 stabilizuje purinové báze v syn glykosidické orientaci a 7-deaza-8-aza modifikace znemožňuje tvorbu Hoogsteenových párů. Zjistili jsme, že syn glykosidická orientace adeninů stabilizuje neutrálníhomoduplex, zatímco syn orientace guaninu tvorbě homoduplexu brání. Pro homoduplex je pravděpodobně rozhodující vlastností Hoogsteenovo párování adeninů, zatímco guaniny se takto nepárují. V jednořetězcových uspořádaných konformerech, které střídavá sekvence (G-A)n tvoří, nabývají guaniny stejné geometrie jako v homoduplexu. Naproti tomu v případě adeninů je pro jednořetězcové struktury důležitá přítomnost N7, ale jejich syn geometrie struktury destabilizuje.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

BO - Biophysics

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Biopolymers

ISSN

0006-3525

e-ISSN

—

Volume of the periodical

85

Issue of the periodical within the volume

1

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

9

Pages from-to

19-27

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—