Analysis of major histocompatibility complex class II gene in water voles using capillary electrophoresis-single stranded conformation polymorphism

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081766%3A_____%2F05%3A00000406" target="_blank" >RIV/68081766:_____/05:00000406 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Analysis of major histocompatibility complex class II gene in water voles using capillary electrophoresis-single stranded conformation polymorphism

Original language description

Analysis of a single strand conformation polymorphism (SSCP) using capillary electrophoresis (CE) is a novel method to study polymorphism of DNA sequences in large scale population studies. We optimized CE-SSCP analysis to study the major histocompatibility complex (MHC) class II alpha gene (DQA) polymorphism. Short-chain linear polyacrylamide (6%) as sieving matrix, TrisCl (pH 8.5) as buffer for sample dilution, and 27 degrees C, 9 kV as electrophoresis parameters were suitable for sufficient resolution of all alleles. We found that almost 25% of clones contained a PCR (polymerase chain reaction) artefact and strict criteria have to be applied when using cloning and sequencing to analyse the allelic diversity of MHC genes.

Czech name

Analýza genu hlavního histokompatibilního komplexu třídy II u hryzce vodního použitím analýzy SSCP v kapiláře

Czech description

Kapilární elektroforéza SSCP je nová metoda studující polymorfismus DNA sekvencí zejména v populačně-genetických studiích. V práci je popisována optimalizace této metody při studiu polymorfismu genu DQA, který náleží mezi MHC geny skupiny II. Ideální podmínky kapilární elektroforézy, které umožnily odlišení téměř všech alel byly následující: SLPA jako dělící polymer, TrisCl (pH 8,5) jako pufr pro ředění vzorku a 27°C a 9 kV jako parametry elektroforézy. Zároveň jsme zjistili, že téměř 25% všech analyzovaných klonů obsahovalo PCR artefakt, proto by při analýzách MHC variability měla být uplatňována striktní kriteria pro identifikaci nových alel.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2005

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Molecular ecology notes

ISSN

1471-8278

e-ISSN

—

Volume of the periodical

5

Issue of the periodical within the volume

1

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

4

Pages from-to

173-176

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—