A Phenylnorstatine Inhibitor Binding to HIV-1 Protease: Geometry, Protonation, and Subsite-Pocket Interactions Analyzed at Atomic Resolution

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F04%3A00105275" target="_blank" >RIV/68378050:_____/04:00105275 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

A Phenylnorstatine Inhibitor Binding to HIV-1 Protease: Geometry, Protonation, and Subsite-Pocket Interactions Analyzed at Atomic Resolution

Original language description

The X-ray structure of a complex of HIV-1 protease (PR) with a phenylnorstatine inhibitor Z-Pns-Phe-Glu-Glu-NH(2) has been determined at 1.03 A, the highest resolution so far reported for any HIV PR complex. The inhibitor shows subnanomolar K(i) values for both the wild-type PR and the variant representing one of the most common mutations linked to resistance development. The structure comprising the phenylnorstatine moiety of (2R,3S)-chirality displays a unique pattern of hydrogen bonding to the two catalytic aspartate residues. This high resolution makes it possible to assess the donor and acceptor relations of this hydrogen bonding and to indicate a proton shared by the two catalytic residues. A structural mechanism for the unimpaired inhibition ofthe protease Val82Ala mutant is also suggested, based on energy calculations and analyses

Czech name

Vazba fenylnorstatinového inhibitoru na proteázu HIV-1: geometrie, protonace a interakce kapes podřadných míst analyzované při atomovém rozlišení

Czech description

Byla určena rentgenová struktura komplexu proteázy HIV-1 (PR) s fenylnorstatinovým inhibitorem Z-Pns-Phe-Glu-Glu-NH(2) při rozlišení 1,03 A, nejvyšším rozlišení, které bylo doposud uvedeno pro kterýkoli komplex HIV PR. Tento inhibitor vykazuje subnanomolární hodnoty K(i) jak pro PR divokého typu, tak pro variantu představující jednu z nejběžnějších mutací spojenou s vývojem rezistence. Struktura obsahující fenylnorstatinovou část chirality (2R,3S) vykazuje jedinečný obraz vazby vodíkových můstků na dvakatalytické aspartátové zbytky. Toto vysoké rozlišení umožňuje zjistit donorové a akceptorové vztahy těchto vodíkových můstků a určit proton sdílený oběma katalytickými zbytky. Je také navržen strukturální mechanismus nenarušené inhibice mutanty proteázyVal82Ala založený na energetických výpočtech a analýzách

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

CE - Biochemistry

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2004

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Journal of Medicinal Chemistry

ISSN

0022-2623

e-ISSN

—

Volume of the periodical

47

Issue of the periodical within the volume

8

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

7

Pages from-to

2030-2036

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—