nef gene sequence variation among HIV-1-infected African children

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F06%3A00044801" target="_blank" >RIV/68378050:_____/06:00044801 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

nef gene sequence variation among HIV-1-infected African children

Original language description

There are few data on African children infected with nonclade B HIV-1 in endemic settings, which limits generalizations about pathogenesis and progression. Genotypic and phenotypic variations in host immunogenetics and HIV-1 negative factor (nef) accessory protein may influence disease progression and have frequently been characterized in subjects infected with clade B HIV-1. In this descriptive study, we report nef gene sequence variation and host genetic polymorphisms in 32 Kenyan children, including12 slow progressors. RESULTS: Phylogenetic analysis identified HIV-1 clades A, C and D and a recombinant A/D subtype. Grossly defective nef genes or significant changes from relevant clade reference sequences were not identified in children with delayeddisease progression. CONCLUSIONS: nef sequence variations may not be common in perinatally infected African children. Further studies are warranted in HIV-1-infected subjects in settings where infection is endemic.

Czech name

Sekvenční variace genu nef u afrických dětí nakažených HIV

Czech description

Dosud není mnoho informací o afrických dětech infikovaných non-B sybtypy HIV-1. HIV-1 negativní faktor (nef) potein byl popsán jako faktor ovlivňující průběh onemocnění a jeho variance byly popsány většinou v subjektech infikovaných HIV-1 subtypem B. V této studii byly charakterizovány sekvenční variace a genetický polymorfismus v hostitelích u 32 keňských dětí včetně 12 subjektů s pomalou progresí onemocnění. Fylogenetická analýza ukázala, že HIV-1 izoláty patřily k subtypům A, C, D a jeden byl rekombinantní A/D. Žádné významné delece v nef genech nebo signifikantní odlišnosti od referenčních sekvencí příslušných subtypů nebyly identifikovány u dětí s pomalou progresí onemocnění. Tyto výsledky ukazují, že variace v genu nef nejsou běžné v perinatálněinfikovaných dětech v Africe.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

HIV Medicine

ISSN

1464-2662

e-ISSN

—

Volume of the periodical

7

Issue of the periodical within the volume

2

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

10

Pages from-to

75-84

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—