XGENE.ORG: Cross-GENomE Cross-ORGanism expression data analysis

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68407700%3A21230%2F08%3A03153081" target="_blank" >RIV/68407700:21230/08:03153081 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

XGENE.ORG: Cross-GENomE Cross-ORGanism expression data analysis

Original language description

XGENE.ORG is a free public tool for integrated analysis of gene expression data collected from diverse microarray platforms, possibly pertaining to various organism species with different genomes. The main features are: smooth search and import of expression samples from the NCBI GEO database of gene expression samples, automatic integration of heterogeneous platform/organism expression data, detection of markers (genes, pathways, fluxes, gene ontology terms) that best distinguish between user-suppliedsample classes, principal component analysis and classification models (decision trees, nearest neighbor) on top of the markers.

Czech name

XGENE.ORG: Analýza multi-platformních dat genové exprese

Czech description

XGENE.ORG je veřejný webový nástroj pro integrovanou analýzu dat genové exprese pocházejících z rozličných typů DNA čipů, které mohou dokonce měřit různé organizmy, tj. různé genomy. Hlavními funkcemi softwaru jsou: možnost vyhledávání a importu vzorků exprese z databáze NCBI GEO, automatická integrace heterogenních dat z různých platforem/organizmů, detekce markerů (genů, biochemických drah, metabolických toků, genově-ontologických termínů), které nejlépe odlišují mezi vzorkovými třídami definovanými uživatelem, analýza hlavních komponent a tvorba klasifikačních modelů (rozhodovací stromy, nejbližší sousedi) na základě těchto markerů.

Type

R - Software

CEP classification

JD - Use of computers, robotics and its application

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

XGENE.ORG

Technical parameters

Webová aplikace, kombinace Ruby, Javy, Prologu a skriptů statistického systému R na straně serveru

Economical parameters

—

Owner IČO

68407700

Owner name

ČVUT FEL, Katedra kybernetiky