Identification and typing of risk and high-risk viral agents using nanopore whole-genome sequencing
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F70565813%3A_____%2F26%3AN0000001" target="_blank" >RIV/70565813:_____/26:N0000001 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Identifikace a typizace rizikových a vysoce rizikových virových agens metodou nanoporového celogenomového sekvenování
Original language description
Metodika B-SEQ-02 popisuje postup identifikace a typizace rizikových (RA) a vysoce rizikových virových agens (VRA) pomocí nanopórového celogenomového sekvenování. Metoda je určena především pro potřeby kontrolní a dozorové činnosti Státního úřadu pro jadernou bezpečnost v oblasti zákazu biologických zbraní a umožňuje analýzu širokého spektra vzorků, včetně infikovaných buněčných kultur a environmentálních matric neznámého původu. Postup zahrnuje izolaci virové RNA, její reverzní transkripci na cDNA, přípravu sekvenační knihovny a následné sekvenování na platformě Oxford Nanopore Technologies MinION. Získaná sekvenační data jsou zpracována pomocí bioinformatických nástrojů zahrnujících basecalling, de novo sestavení genomu, opravu chyb a anotaci, přičemž finální identifikace je provedena porovnáním s referenčními databázemi pomocí nástroje BLAST. Metodika umožňuje nejen průkaz přítomnosti virového agens, ale také jeho detailní genetickou typizaci, včetně posouzení původu či možných genetických modifikací.
Czech name
Identifikace a typizace rizikových a vysoce rizikových virových agens metodou nanoporového celogenomového sekvenování
Czech description
Metodika B-SEQ-02 popisuje postup identifikace a typizace rizikových (RA) a vysoce rizikových virových agens (VRA) pomocí nanopórového celogenomového sekvenování. Metoda je určena především pro potřeby kontrolní a dozorové činnosti Státního úřadu pro jadernou bezpečnost v oblasti zákazu biologických zbraní a umožňuje analýzu širokého spektra vzorků, včetně infikovaných buněčných kultur a environmentálních matric neznámého původu. Postup zahrnuje izolaci virové RNA, její reverzní transkripci na cDNA, přípravu sekvenační knihovny a následné sekvenování na platformě Oxford Nanopore Technologies MinION. Získaná sekvenační data jsou zpracována pomocí bioinformatických nástrojů zahrnujících basecalling, de novo sestavení genomu, opravu chyb a anotaci, přičemž finální identifikace je provedena porovnáním s referenčními databázemi pomocí nástroje BLAST. Metodika umožňuje nejen průkaz přítomnosti virového agens, ale také jeho detailní genetickou typizaci, včetně posouzení původu či možných genetických modifikací.
Classification
Type
N<sub>metS</sub> - Methodology approved by the given body of the state whose it is competency
CEP classification
—
OECD FORD branch
10607 - Virology
Result continuities
Project
<a href="/en/project/VC20232025008" target="_blank" >VC20232025008: Identification, verification and typing of new high risk biological agents</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2026
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
B-SEQ-02
Regulation ID
SÚJB/OKZCHBZ/877/2026
Technical parameters
Metodika B-SEQ-02 popisuje postup identifikace a typizace rizikových (RA) a vysoce rizikových virových agens (VRA) pomocí nanopórového celogenomového sekvenování. Metoda je určena především pro potřeby kontrolní a dozorové činnosti Státního úřadu pro jadernou bezpečnost v oblasti zákazu biologických zbraní a umožňuje analýzu širokého spektra vzorků, včetně infikovaných buněčných kultur a environmentálních matric neznámého původu. Postup zahrnuje izolaci virové RNA, její reverzní transkripci na cDNA, přípravu sekvenační knihovny a následné sekvenování na platformě Oxford Nanopore Technologies MinION. Získaná sekvenační data jsou zpracována pomocí bioinformatických nástrojů zahrnujících basecalling, de novo sestavení genomu, opravu chyb a anotaci, přičemž finální identifikace je provedena porovnáním s referenčními databázemi pomocí nástroje BLAST. Metodika umožňuje nejen průkaz přítomnosti virového agens, ale také jeho detailní genetickou typizaci, včetně posouzení původu či možných genetických modifikací.
Economical parameters
Zavedení nanopórového sekvenování představuje významný kvalitativní posun oproti dosud používaným PCR metodám, které neposkytují dostatečné rozlišení pro detailní typizační analýzy. Metodika je navržena jako robustní, flexibilní a rychle aplikovatelný nástroj vhodný jak pro laboratorní podmínky, tak i pro nasazení v terénu v rámci činnosti mobilních analytických laboratoří. Díky těmto vlastnostem je využitelná rovněž pro potřeby Integrovaného záchranného systému a dalších specializovaných pracovišť zabývajících se biologickou ochranou.
Certification body designation
Státní úřad pro jadernou bezpečnost
Date of certification
—
Method of use
B - Výsledek je využíván orgány státní nebo veřejné správy