Processing and preparation of various types of samples containing microbiological agents for subsequent nucleic acid sequencing using nanopore sequencing (Oxford Nanopore Technologies)
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F70565813%3A_____%2F26%3AN0000002" target="_blank" >RIV/70565813:_____/26:N0000002 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Zpracování a příprava různých typů vzorků obsahujících mikrobiologická agens pro následnou sekvenaci nukleových kyselin metodou nanopórového sekvenování (Oxford Nanopore Technologies)
Original language description
Metodika B-SEQ-03 popisuje standardizovaný postup zpracování a přípravy různých typů vzorků obsahujících mikrobiologická agens pro následnou sekvenaci nukleových kyselin metodou nanopórového sekvenování na platformě Oxford Nanopore Technologies. Metodika je určena především pro potřeby kontrolní a dozorové činnosti Státního úřadu pro jadernou bezpečnost v oblasti zákazu biologických zbraní a slouží jako podpůrný předanalytický postup pro metody celogenomového sekvenování. Postupy jsou navrženy pro široké spektrum vstupních matric, zahrnující čisté kultury a izoláty, environmentální vzorky (půda, voda, odpadní voda, povrchové stěry) a klinické materiály (respirační sekret, krev, moč). Metodika zohledňuje rozdílné koncentrační úrovně mikrobiálních agens (vysoká, nízká a stopová) a klade důraz na efektivní koncentraci cílové mikrobiální frakce, odstranění inhibitorů, případnou depleci hostitelské DNA a získání genomové DNA nebo RNA (resp. cDNA) v kvalitě a množství odpovídajícím požadavkům nanopórového sekvenování.
Czech name
Zpracování a příprava různých typů vzorků obsahujících mikrobiologická agens pro následnou sekvenaci nukleových kyselin metodou nanopórového sekvenování (Oxford Nanopore Technologies)
Czech description
Metodika B-SEQ-03 popisuje standardizovaný postup zpracování a přípravy různých typů vzorků obsahujících mikrobiologická agens pro následnou sekvenaci nukleových kyselin metodou nanopórového sekvenování na platformě Oxford Nanopore Technologies. Metodika je určena především pro potřeby kontrolní a dozorové činnosti Státního úřadu pro jadernou bezpečnost v oblasti zákazu biologických zbraní a slouží jako podpůrný předanalytický postup pro metody celogenomového sekvenování. Postupy jsou navrženy pro široké spektrum vstupních matric, zahrnující čisté kultury a izoláty, environmentální vzorky (půda, voda, odpadní voda, povrchové stěry) a klinické materiály (respirační sekret, krev, moč). Metodika zohledňuje rozdílné koncentrační úrovně mikrobiálních agens (vysoká, nízká a stopová) a klade důraz na efektivní koncentraci cílové mikrobiální frakce, odstranění inhibitorů, případnou depleci hostitelské DNA a získání genomové DNA nebo RNA (resp. cDNA) v kvalitě a množství odpovídajícím požadavkům nanopórového sekvenování.
Classification
Type
N<sub>metS</sub> - Methodology approved by the given body of the state whose it is competency
CEP classification
—
OECD FORD branch
10606 - Microbiology
Result continuities
Project
<a href="/en/project/VC20232025008" target="_blank" >VC20232025008: Identification, verification and typing of new high risk biological agents</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2026
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
B-SEQ-03
Regulation ID
SÚJB/OKZCHBZ/1024/2026
Technical parameters
Metodika B-SEQ-03 popisuje standardizovaný postup zpracování a přípravy různých typů vzorků obsahujících mikrobiologická agens pro následnou sekvenaci nukleových kyselin metodou nanopórového sekvenování na platformě Oxford Nanopore Technologies. Metodika je určena především pro potřeby kontrolní a dozorové činnosti Státního úřadu pro jadernou bezpečnost v oblasti zákazu biologických zbraní a slouží jako podpůrný předanalytický postup pro metody celogenomového sekvenování. Postupy jsou navrženy pro široké spektrum vstupních matric, zahrnující čisté kultury a izoláty, environmentální vzorky (půda, voda, odpadní voda, povrchové stěry) a klinické materiály (respirační sekret, krev, moč). Metodika zohledňuje rozdílné koncentrační úrovně mikrobiálních agens (vysoká, nízká a stopová) a klade důraz na efektivní koncentraci cílové mikrobiální frakce, odstranění inhibitorů, případnou depleci hostitelské DNA a získání genomové DNA nebo RNA (resp. cDNA) v kvalitě a množství odpovídajícím požadavkům nanopórového sekvenování.
Economical parameters
Metodika umožňuje reprodukovatelnou a robustní přípravu vzorků pro následnou identifikaci a typizaci mikrobiologických agens pomocí celogenomového sekvenování, včetně aplikací v metagenomickém režimu. Zavedení tohoto standardizovaného předzpracování představuje klíčový krok ke zvýšení spolehlivosti a interpretovatelnosti výsledků sekvenačních analýz, a to jak v laboratorních podmínkách, tak při nasazení mobilních analytických laboratoří. Metodika je využitelná rovněž pro potřeby Integrovaného záchranného systému a dalších specializovaných pracovišť zabývajících se biologickou ochranou.
Certification body designation
Státní úřad pro jadernou bezpečnost
Date of certification
—
Method of use
B - Výsledek je využíván orgány státní nebo veřejné správy