Molecular epidemiology of tuberculosis in the capital of Prague in 2013 and 2014

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F75010330%3A_____%2F18%3A00012222" target="_blank" >RIV/75010330:_____/18:00012222 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2018-2-5/molekularni-epidemiologie-tuberkulozy-v-hlavnim-meste-praha-v-letech-2013-a-2014-104981" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2018-2-5/molekularni-epidemiologie-tuberkulozy-v-hlavnim-meste-praha-v-letech-2013-a-2014-104981</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Molekulární epidemiologie tuberkulózy v hlavním městě Praha v letech 2013 a 2014

Original language description

Cíl práce: Fylogenetická analýza kmenů Mycobacterium tuberculosis metodou MIRU-VNTR a jejich zařazení do jednotlivých linií a sublinií. Materiál a metodiky: DNA 132 kmenů M. tuberculosis získaných od pacientů z hlavního města Praha v roce 2013 a 2014. Byla použita metoda MIRU-VNTR. Kmeny byly webovým softwarem MIRU-VNTRplus identifikovány a zařazeny do geneticky příbuzných skupin. Výsledky: Nejčastější výskyt onemocnění tuberkulózou v populaci byl prokázán u mužů mezi 45. až 54. rokem. Získané kmeny M. tuberculosis se vyznačují vysokou polymorfií v počtu repetitivních sekvencí. Identifikovány byly tři globální linie: 1 - Indo-Oceánská, 2 - Východo-Asijská a 4 - Euro-Americká, zastoupená 85,6 % kmenů, ke které bylo přiřazeno 9 sublinií: Haarlem (40,9 %), H37Rv (25,8 %), S, Cameroon, LAM, X, NEW-1, URAL a Delhi/CAS. Plná identita repetitivních sekvencí byla prokázána u 28,0 % kmenů (9 skupin) globální linie 4 - Euro-Americké, sublinií Haarlem (4 skupiny), H37Rv (3 skupiny), Cameroon (1 skupina) a S (1 skupina). Mezi analyzovanými kmeny byly čtyři multirezistentní (MDR) kmeny bez klastrování (jeden kmen v roce 2013, tři kmeny v roce 2014). Dva MDR kmeny patřily ke globální linii 4 - Euro-Americké; dva MDR kmeny byly zařazeny ke globální linii 2 - Východo-Asijské. Závěry: Genotypizace kmenů M. tuberculosis metodou MIRU-VNTR umožňuje rychlou genetickou identifikaci jednotlivých kmenů a jejich zařazení do linií a sublinií. Identifikace kmenů M. tuberculosis, jejich zařazení do linií a rozložení linií dovoluje sledovat jejich pohyb nejen na území jednoho státu, ale i na celém světě. Při víceletém genotypování kmenů lze vysledovat původní zdroj infekce a její přenos.

Czech name

Molekulární epidemiologie tuberkulózy v hlavním městě Praha v letech 2013 a 2014

Czech description

Cíl práce: Fylogenetická analýza kmenů Mycobacterium tuberculosis metodou MIRU-VNTR a jejich zařazení do jednotlivých linií a sublinií. Materiál a metodiky: DNA 132 kmenů M. tuberculosis získaných od pacientů z hlavního města Praha v roce 2013 a 2014. Byla použita metoda MIRU-VNTR. Kmeny byly webovým softwarem MIRU-VNTRplus identifikovány a zařazeny do geneticky příbuzných skupin. Výsledky: Nejčastější výskyt onemocnění tuberkulózou v populaci byl prokázán u mužů mezi 45. až 54. rokem. Získané kmeny M. tuberculosis se vyznačují vysokou polymorfií v počtu repetitivních sekvencí. Identifikovány byly tři globální linie: 1 - Indo-Oceánská, 2 - Východo-Asijská a 4 - Euro-Americká, zastoupená 85,6 % kmenů, ke které bylo přiřazeno 9 sublinií: Haarlem (40,9 %), H37Rv (25,8 %), S, Cameroon, LAM, X, NEW-1, URAL a Delhi/CAS. Plná identita repetitivních sekvencí byla prokázána u 28,0 % kmenů (9 skupin) globální linie 4 - Euro-Americké, sublinií Haarlem (4 skupiny), H37Rv (3 skupiny), Cameroon (1 skupina) a S (1 skupina). Mezi analyzovanými kmeny byly čtyři multirezistentní (MDR) kmeny bez klastrování (jeden kmen v roce 2013, tři kmeny v roce 2014). Dva MDR kmeny patřily ke globální linii 4 - Euro-Americké; dva MDR kmeny byly zařazeny ke globální linii 2 - Východo-Asijské. Závěry: Genotypizace kmenů M. tuberculosis metodou MIRU-VNTR umožňuje rychlou genetickou identifikaci jednotlivých kmenů a jejich zařazení do linií a sublinií. Identifikace kmenů M. tuberculosis, jejich zařazení do linií a rozložení linií dovoluje sledovat jejich pohyb nejen na území jednoho státu, ale i na celém světě. Při víceletém genotypování kmenů lze vysledovat původní zdroj infekce a její přenos.

Type

J_imp - Article in a specialist periodical, which is included in the Web of Science database

CEP classification

—

OECD FORD branch

30303 - Infectious Diseases

Project

—

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2018

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie

ISSN

1210-7913

e-ISSN

—

Volume of the periodical

67

Issue of the periodical within the volume

2

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

6

Pages from-to

58-63

UT code for WoS article

000454046100002

EID of the result in the Scopus database

2-s2.0-85052756292