Whole genome sequencing analysis of Streptococcus pneumoniae populations of serotypes 10A, 11A, 12F, 15B, and 33F involved in invasive pneumococcal disease in the Czech Republic in 2013–2023
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F75010330%3A_____%2F25%3A00015099" target="_blank" >RIV/75010330:_____/25:00015099 - isvavai.cz</a>
Alternative codes found
RIV/00216208:11120/25:43929308
Result on the web
<a href="https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2025-4-11/celogenomova-analyza-populaci-streptococcus-pneumoniae-serotypu-10a-11a-12f-15b-a-33f-pusobicich-invazivni-pneumokokove-onemocneni-v-ceske-republice-v-obdobi-2013-2023-141812" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2025-4-11/celogenomova-analyza-populaci-streptococcus-pneumoniae-serotypu-10a-11a-12f-15b-a-33f-pusobicich-invazivni-pneumokokove-onemocneni-v-ceske-republice-v-obdobi-2013-2023-141812</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.61568/emi/11-6600/20251001/141812" target="_blank" >10.61568/emi/11-6600/20251001/141812</a>
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Celogenomová analýza populací Streptococcus pneumoniae sérotypů 10A, 11A, 12F, 15B a 33F působících invazivní pneumokokové onemocnění v České republice v období 2013-2023
Original language description
Cíl: Cílem naší studie bylo studium populací Streptococcus pneumoniae sérotypů 10A, 11A, 12F, 15B a 33F způsobujících invazivní pneumokokové onemocnění (IPO) v České republice (ČR) v letech 2013–2023 metodou celogenomové sekvenace (Whole Genome Sequencing). Materiál a metody: Studované sérotypy S. pneumoniae jsou obsaženy v recentně registrovaných pneumokokových konjugovaných vakcínách (PCV): PCV15 a PCV20. K epidemiologické analýze výskytu vybraných sérotypů v letech 2013 až 2023 byla využita celorepubliková data surveillance IPO. Pro studium pomocí metody WGS bylo vybráno 177 izolátů S. pneumoniae pěti různých sérotypů: 10A, 11A, 12F, 15B a 33F, které byly zachyceny z IPO na území ČR mezi lety 2013–2023. WGS bylo provedeno na platformě Illumina MiSeq. Získaná WGS data byla analyzována pomocí nástrojů PubMLST databáze, kde jsou WGS data též veřejně dostupná. Výsledky: Epidemiologická analýza výskytu S. pneumoniae sérotypů 10A, 11A, 12F, 15B a 33F způsobujících IPO ukázala, že po zavedení PCV7, PCV10 a PCV13 došlo k nárůstu jejich výskytu v ČR. Maximální počet případů IPO sérotypu 10A byl v roce 2015 (17 případů), sérotypu 11A v roce 2018 (19 případů), sérotypu 12F v roce 2015 (18 případů), sérotypu 15B v roce 2023 (11 případů), sérotypu 33F v roce 2015 (6 případů). Během pandemie covidu-19 počty případů IPO vyvolaných studovanými sérotypy poklesly. V postpandemickém období se počty IPO vyvolaných sérotypy 10A a 11A opět zvýšily, přičemž narostl i počet případů vyvolaný sérotypem 15B. Z analýzy WGS dat vyplývá, že mezi českými izoláty sérotypu 10A výrazně dominovaly izoláty ST-1551, které tvořily početný a geneticky vysoce kompaktní klastr. V rámci sérotypu 11A patřily české izoláty převážně k ST-62 nebo k sekvenačním typům příbuzným tomuto ST. České izoláty sérotypu 12F patřily do tří hlavních klastrů, které nevykazovaly vzájemnou příbuznost (ST-218, ST-989 a ST-8060). České izoláty sérotypu 15B vykazovaly vysokou míru genetické heterogenity a patřily do tří hlavních evropských klastrů (ST-162, ST-199 a ST-1262) s převahou izolátů ST-162. Sérotyp 33F byl v naší studii zastoupen pouze 6 izoláty, ze kterých 4 patřily k ST-100. Závěr: České i evropské populace S. pneumoniae různých sérotypů vykazují značnou heterogenitu. Na této škále se vyskytují sérotypy, ve kterých převládají vzájemně příbuzné izoláty jednoho ST (11A) i sérotypy, které jsou tvořeny několika vzájemně zcela nepříbuznými klastry (12F, 15B). Struktury těchto jednotlivých populací se neustále mění v čase a jsou navíc odlišné i v rámci jednotlivých zemí Evropy. Je důležité monitorovat jednotlivé populace S. pneumoniae v co nejvyšší míře a získaná data využívat při zhodnocení možností zavádění nových PCV v ČR.
Czech name
Celogenomová analýza populací Streptococcus pneumoniae sérotypů 10A, 11A, 12F, 15B a 33F působících invazivní pneumokokové onemocnění v České republice v období 2013-2023
Czech description
Cíl: Cílem naší studie bylo studium populací Streptococcus pneumoniae sérotypů 10A, 11A, 12F, 15B a 33F způsobujících invazivní pneumokokové onemocnění (IPO) v České republice (ČR) v letech 2013–2023 metodou celogenomové sekvenace (Whole Genome Sequencing). Materiál a metody: Studované sérotypy S. pneumoniae jsou obsaženy v recentně registrovaných pneumokokových konjugovaných vakcínách (PCV): PCV15 a PCV20. K epidemiologické analýze výskytu vybraných sérotypů v letech 2013 až 2023 byla využita celorepubliková data surveillance IPO. Pro studium pomocí metody WGS bylo vybráno 177 izolátů S. pneumoniae pěti různých sérotypů: 10A, 11A, 12F, 15B a 33F, které byly zachyceny z IPO na území ČR mezi lety 2013–2023. WGS bylo provedeno na platformě Illumina MiSeq. Získaná WGS data byla analyzována pomocí nástrojů PubMLST databáze, kde jsou WGS data též veřejně dostupná. Výsledky: Epidemiologická analýza výskytu S. pneumoniae sérotypů 10A, 11A, 12F, 15B a 33F způsobujících IPO ukázala, že po zavedení PCV7, PCV10 a PCV13 došlo k nárůstu jejich výskytu v ČR. Maximální počet případů IPO sérotypu 10A byl v roce 2015 (17 případů), sérotypu 11A v roce 2018 (19 případů), sérotypu 12F v roce 2015 (18 případů), sérotypu 15B v roce 2023 (11 případů), sérotypu 33F v roce 2015 (6 případů). Během pandemie covidu-19 počty případů IPO vyvolaných studovanými sérotypy poklesly. V postpandemickém období se počty IPO vyvolaných sérotypy 10A a 11A opět zvýšily, přičemž narostl i počet případů vyvolaný sérotypem 15B. Z analýzy WGS dat vyplývá, že mezi českými izoláty sérotypu 10A výrazně dominovaly izoláty ST-1551, které tvořily početný a geneticky vysoce kompaktní klastr. V rámci sérotypu 11A patřily české izoláty převážně k ST-62 nebo k sekvenačním typům příbuzným tomuto ST. České izoláty sérotypu 12F patřily do tří hlavních klastrů, které nevykazovaly vzájemnou příbuznost (ST-218, ST-989 a ST-8060). České izoláty sérotypu 15B vykazovaly vysokou míru genetické heterogenity a patřily do tří hlavních evropských klastrů (ST-162, ST-199 a ST-1262) s převahou izolátů ST-162. Sérotyp 33F byl v naší studii zastoupen pouze 6 izoláty, ze kterých 4 patřily k ST-100. Závěr: České i evropské populace S. pneumoniae různých sérotypů vykazují značnou heterogenitu. Na této škále se vyskytují sérotypy, ve kterých převládají vzájemně příbuzné izoláty jednoho ST (11A) i sérotypy, které jsou tvořeny několika vzájemně zcela nepříbuznými klastry (12F, 15B). Struktury těchto jednotlivých populací se neustále mění v čase a jsou navíc odlišné i v rámci jednotlivých zemí Evropy. Je důležité monitorovat jednotlivé populace S. pneumoniae v co nejvyšší míře a získaná data využívat při zhodnocení možností zavádění nových PCV v ČR.
Classification
Type
J<sub>imp</sub> - Article in a specialist periodical, which is included in the Web of Science database
CEP classification
—
OECD FORD branch
10606 - Microbiology
Result continuities
Project
<a href="/en/project/NU22-09-00433" target="_blank" >NU22-09-00433: Whole genome sequencing analysis of selected serotypes of Streptococcus pneumoniae causing invasive disease in the Czech Republic</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2025
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie
ISSN
1210-7913
e-ISSN
1805-451X
Volume of the periodical
74
Issue of the periodical within the volume
4
Country of publishing house
CZ - CZECH REPUBLIC
Number of pages
14
Pages from-to
191-204
UT code for WoS article
001665601400001
EID of the result in the Scopus database
2-s2.0-105027598669