Population analysis of Streptococcus pneumoniae serotype 19A by whole genome sequencing in the Czech Republic and in Europe after serotype 19A inclusion in pneumococcal conjugate vaccine
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F75010330%3A_____%2F21%3A00013542" target="_blank" >RIV/75010330:_____/21:00013542 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2021-2-24/populacni-analyza-streptococcus-pneumoniae-serotypu-19a-metodou-sekvenace-celeho-genomu-v-ceske-republice-a-evrope-po-jeho-zarazeni-do-pneumokokove-konjugovane-vakciny-127796" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2021-2-24/populacni-analyza-streptococcus-pneumoniae-serotypu-19a-metodou-sekvenace-celeho-genomu-v-ceske-republice-a-evrope-po-jeho-zarazeni-do-pneumokokove-konjugovane-vakciny-127796</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Populační analýza Streptococcus pneumoniae sérotypu 19A metodou sekvenace celého genomu v České republice a Evropě po jeho zařazení do pneumokokové konjugované vakcíny
Original language description
Cíl práce: Využití výsledků sekvenace celého genomu (WGS) Streptococcus pneumoniae sérotypu 19A a jeho porovnání s výsledky v Evropě. Tato publikace prezentuje analýzu vakcinačního sérotypu 19A, který je v České republice hojně zastoupen. Materiál a metodika: Pro studii byla zvolena metoda WGS jako nejdetailnější aktuálně dostupná metoda pro charakterizaci S. pneumoniae. Analýze bylo podrobeno 19 českých izolátů S. pneumoniae 19A, které byly porovnány se 415 evropskými izoláty, jejichž data jsou dostupná v mezinárodní databázi PubMLST.Výsledky: S. pneumoniae sérotypu 19A způsobuje všechny typy interakce s hostitelem od nosičství, přes vyvolání neinvazivních onemocnění až po invazivní pneumokokové onemocnění (IPO). V letech 2010–2019 bylo v ČR zjištěno v programu surveillance 3 872 případů IPO, z nichž 323 případů bylo způsobeno sérotypem 19A. Celogenomová data českých izolátů sérotypu 19A ukazují početnou a geneticky blízkou subpopulaci tří sekvenačních typů ST-199, ST-416, ST-3017. V rámci této subpopulace je nejpočetnější klastr devíti izolátů ST-199. Vysokou příbuznost izolátů ST-199 potvrzuje i fakt, že s výjimkou izolátu 117/2019 (nový rST-137805), sdílí všechny stejný ribozomální sekvenační profil – rST-11365. Stranou zmíněné subpopulace stojí pouze čtyři izoláty, které tvoří tři zcela samostatné genetické linie sérotypu 19A. Velice obdobná situace je na evropské úrovni. Zde zhruba polovina všech izolátů sérotypu 19A vytváří geneticky blízkou subpopulaci (ST-199, ST-416, ST-450, ST-667, ST-3017, ST-10360) a izoláty, které nejsou součástí této subpopulace, představují velké množství vzájemně nepříbuzných genetických linií. Závěry: Studie ukazuje převážně homogenní populaci S. pneumoniae sérotypu 19A kolující v postvakcinační éře v ČR i Evropě se stranou stojícími nepříbuznými izoláty.
Czech name
Populační analýza Streptococcus pneumoniae sérotypu 19A metodou sekvenace celého genomu v České republice a Evropě po jeho zařazení do pneumokokové konjugované vakcíny
Czech description
Cíl práce: Využití výsledků sekvenace celého genomu (WGS) Streptococcus pneumoniae sérotypu 19A a jeho porovnání s výsledky v Evropě. Tato publikace prezentuje analýzu vakcinačního sérotypu 19A, který je v České republice hojně zastoupen. Materiál a metodika: Pro studii byla zvolena metoda WGS jako nejdetailnější aktuálně dostupná metoda pro charakterizaci S. pneumoniae. Analýze bylo podrobeno 19 českých izolátů S. pneumoniae 19A, které byly porovnány se 415 evropskými izoláty, jejichž data jsou dostupná v mezinárodní databázi PubMLST.Výsledky: S. pneumoniae sérotypu 19A způsobuje všechny typy interakce s hostitelem od nosičství, přes vyvolání neinvazivních onemocnění až po invazivní pneumokokové onemocnění (IPO). V letech 2010–2019 bylo v ČR zjištěno v programu surveillance 3 872 případů IPO, z nichž 323 případů bylo způsobeno sérotypem 19A. Celogenomová data českých izolátů sérotypu 19A ukazují početnou a geneticky blízkou subpopulaci tří sekvenačních typů ST-199, ST-416, ST-3017. V rámci této subpopulace je nejpočetnější klastr devíti izolátů ST-199. Vysokou příbuznost izolátů ST-199 potvrzuje i fakt, že s výjimkou izolátu 117/2019 (nový rST-137805), sdílí všechny stejný ribozomální sekvenační profil – rST-11365. Stranou zmíněné subpopulace stojí pouze čtyři izoláty, které tvoří tři zcela samostatné genetické linie sérotypu 19A. Velice obdobná situace je na evropské úrovni. Zde zhruba polovina všech izolátů sérotypu 19A vytváří geneticky blízkou subpopulaci (ST-199, ST-416, ST-450, ST-667, ST-3017, ST-10360) a izoláty, které nejsou součástí této subpopulace, představují velké množství vzájemně nepříbuzných genetických linií. Závěry: Studie ukazuje převážně homogenní populaci S. pneumoniae sérotypu 19A kolující v postvakcinační éře v ČR i Evropě se stranou stojícími nepříbuznými izoláty.
Classification
Type
J<sub>imp</sub> - Article in a specialist periodical, which is included in the Web of Science database
CEP classification
—
OECD FORD branch
30303 - Infectious Diseases
Result continuities
Project
<a href="/en/project/NV17-29256A" target="_blank" >NV17-29256A: Molecular surveillance of invasive pneumococcal disease in the Czech Republic, assessment of vaccination strategy and recommendation for update</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2021
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie
ISSN
1210-7913
e-ISSN
—
Volume of the periodical
70
Issue of the periodical within the volume
2
Country of publishing house
CZ - CZECH REPUBLIC
Number of pages
8
Pages from-to
110-117
UT code for WoS article
000735154900005
EID of the result in the Scopus database
2-s2.0-85114657165