ELIXIR-CZ: Budování kapacit

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

Operační program výzkum, vývoj, vzdělávání

Veřejná soutěž

—

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Ústav výpočetní techniky

Druh soutěže

OP - Operační program EU

Číslo smlouvy

16_013/0001777_01

Název projektu anglicky

ELIXIR-CZ: Capacity building

Anotace anglicky

The project plans to build and expand the computing and storage infrastructure in the Czech Republic for the storage, processing and analysis of data from the field of life sciences. It also directly supports the development of selected tools and databases that are very beneficial to the scientific community and which enrich the infrastructure with advanced and highly sophisticated services. The project strengthens the current computing infrastructure by acquiring and installing the equivalent of 200 high-density computing nodes (2-4 CPUs, approx. 256 GB RAM) in a cluster three, adding about 2 PB storage capacity to the ELIXIR-CZ community, and extending the software portfolio by restoring existing and adding new licensing of relevant commercial software packages. The three research programs in the project will increase the capabilities of the ELIXIR-CZ infrastructure by using (1) the new functionality of RepeatExplorer (a bioinformatic tool for characterizing repetitive elements of the new generation of sequential data (NGS), which will be enhanced by the ability to process long sequential readings produced by modern sequencers) 2) Portal Accessible Dolbico Platform for Analysis of Structure-Functional Nucleic Acid Relationships and (3) Enhancing the Quality of Biomacromolecular Structures in Protein Database (PDB) by developing ligand validation tools (MotveValidator and ValidatorDB) and for automatic annotation of the secondary protein structure. All these activities will strengthen the ELIXIR-CZ infrastructure and increase its prestige in the international environment. A detailed description of the objectives is contained in the Feasibility Study in chapters 3.4, 4 and 5.

Kategorie VaV

IF - Infrastruktura výzkumu, vývoje a inovací

CEP - hlavní obor

EI - Biotechnologie a bionika

CEP - vedlejší obor

IN - Informatika

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt napomohl vybudovat v ČR a rozšířit výpočetní a úložnou infrastrukturu pro ukládání, zpracování a analýzu dat z oblasti věd o živé přírodě. Projekt posílil současnou výpočetní infrastrukturu pořízením a instalací výpočetních uzlů s vysokou hustotou ve trojici clusterů, přidal cca 2 PB úložné kapacity pro komunitu ELIXIR-CZ a rozšířil softwarové portfolio obnovením stávajících a přidáním nových licencí relevantních komerčních softwarových nástrojů. Došlo k rozšíření možností infrastruktury ELIXIR-CZ pomocí nové funkcionality nástroje RepeatExplorer (bioinformatický nástroj pro charakterizaci repetitivních prvků sekvenčních dat nové generace, který byl rozšířen o schopnost zpracovávat dlouhá sekvenční čtení), portálově přístupné platformy DNATCO pro analýzu strukturně-funkčních vztahů nukleových kyselin a zvýšením kvality biomakromolekulárních struktur v proteinové databance. Došlo tak k posílení infrastruktury ELIXIR-CZ a zvýšení její prestiže v mezinárodním prostředí.

Zahájení řešení

1. 5. 2017

Ukončení řešení

30. 4. 2021

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

6. 9. 2020

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP22-MSM-EF-U

Datum dodání záznamu

30. 6. 2022

Celkové uznané náklady

67 781 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

67 781 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč