ELIXIR-CZ: Capacity building
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
—
Call for proposals
—
Main participants
Masarykova univerzita / Ústav výpočetní techniky
Contest type
OP - EU Operational Programme
Contract ID
16_013/0001777_01
Alternative language
Project name in Czech
ELIXIR-CZ: Budování kapacit
Annotation in Czech
Projekt plánuje v ČR vybudovat a rozšířit výpočetní a úložnou infrastrukturu pro ukládání, zpracování a analýzu dat z oblasti věd o živé přírodě. Přímo podporuje rovněž rozvoj vybraných nástrojů a databází, které jsou velmi přínosné pro vědeckou komunitu a které obohacují infrastrukturu o pokročilé a vysoce sofistikované služby. Projekt posílí současnou výpočetní infrastrukturu pořízením a instalací ekvivalentu 200 výpočetních uzlů s vysokou hustotou (2-4 CPU, cca 256 GB RAM) ve trojici clusterů, přidá cca 2 PB úložné kapacity pro komunitu ELIXIR-CZ a rozšíří softwarové portfolio obnovením stávajících a přidáním nových licencí relevantních komerčních softwarových balíků. Tři výzkumné programy v projektu zvýší možnosti infrastruktury ELIXIR-CZ pomocí (1) nové funkcionality nástroje RepeatExplorer (bioinformatický nástroj pro charakterizaci repetitivních prvků sekvenačních dat nové generace (NGS), který bude rozšířen o schopnost zpracovávat dlouhá sekvenanční čtení, produkované moderními sekvenátory), (2) portálově přístupnou platformu Dolbico pro analýzu strukturně-funkčních vztahů nukleových kyselin a (3) zvýšením kvality biomakromolekulárních struktur v proteinové databance (PDB) vývojem nástrojů pro validaci ligandů (MotveValidator a ValidatorDB) a pro automatickou anotaci sekundární struktury proteinů. Všechny tyto aktivity posílí infrastrukturu ELIXIR-CZ a zvýší její prestiž v mezinárodním prostředí. Detailní popis cílů je obsažen ve Studii proveditelnosti v kapitolách 3.4, 4 a 5.
Scientific branches
R&D category
IF - RDI infrastructure
CEP classification - main branch
EI - Biotechnology and bionics
CEP - secondary branch
IN - Informatics
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project helped to build and expand the computing and storage infrastructure for storage, processing and analysis of data in the field of life sciences. The project strengthened the current computing infrastructure by acquiring and installing high-density computing nodes in three clusters, added about 2 PB of storage capacity for the ELIXIR-CZ community and expanded the software portfolio by renewing existing and adding new licenses of relevant commercial software. The possibilities of the ELIXIR-CZ infrastructure were expanded with the new functionality of the RepeatExplorer tool (bioinformatics tool for characterization of repetitive elements of next generation sequence data, which was extended by the ability to process long sequence reads), portal DNATCO for analysis of structural-functional nucleic acid relationships and quality of biomacromolecular structures in protein database. This increased the prestige of ELIXIR-CZ infrastructure in the international environment.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2017
Realization period - end
Apr 30, 2021
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Sep 6, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-MSM-EF-U
Data delivery date
Jun 30, 2022
Finance
Total approved costs
67,781 thou. CZK
Public financial support
67,781 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK