In-solution study of the lipid kinase PI4KB heteromeric protein complexes
Project goals
Large dynamic protein complexes cannot be studied by traditional protein crystallography due to their intrinsically disordered regions. Traditional NMR techniques are also not suitable due to their size. Phosphatidylinositol 4-kinase B (PI4KB), a kinase that generates phosphatidylinositol 4-phosphate (PI4P), a crucial molecule for the function of the Golgi forms several flexible protein heterocomplexes. It interacts with the small GTPase Rab11, with Golgi residing protein ACBD3 (Acyl-CoA binding domain containing 3) and with the scaffolding protein 14-3-3. Importantly, PI4KB is hijacked by viral protein 3A through the formation of a trimeric 3A:ACBD3:PI4KB protein complex. PI4KB is an essential enzyme regulated by various binding partners. The overarching goal of the proposal is to decipher the structural basis of PI4K regulation by their binding partners. We plan to employ small angle X-ray scattering (SAXS) and other biophysical methods to attain this goal.
Keywords
kinasestructural analysis lipidphosphatidylinositol 4-phosphatePI4KAPI4KBACBD314-3-3
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-05200S
Alternative language
Project name in Czech
Studium hetoromerických komplexů lipid kinázy PI4KB v roztoku
Annotation in Czech
Klasická krystalografická analýza není vhodnou metodou pro studium velkých dynamických proteinových komplexů, protože jsou flexibilní a obsahují vnitřně neuspořádané oblasti. Klasické NMR techniky se také nehodí kvůli jejich přílišné velikosti. Fosfatidylinositol 4-kináza B (PI4KB) je kináza, která syntetizuje fosfatidylinositol 4-fosfát (PI4P), minoritní, ale klíčový lipid pro funkci Golgiho systému. PI4KB tvoří několik flexibilních hetoromerických proteinových komplexů. Interaguje s malou GTPázou Rab11, s Golgi rezidenčním proteinem ACBD3 (Acyl-CoA binding domain containing 3) a s adaptorovým 14-3-3 proteinem. PI4KB je také “zneužívána“ mnoha viry. Ty kódují nestrukturní 3A protein, aby skrze vytvoření komplexu 3A:ACBD3:PI4KB použili PI4KB pro vlastní účely. PI4KB je esenciální enzym regulovaný různými vazebnými partnery. Hlavním cílem tohoto projektu je objasnění strukturních základů regulace PI4K kináz jejich vazebnými partnery. Pro dosažení tohoto cíle použijeme rozptyl paprsků X (SAXS), proteinovou krystalografii a další metody strukturní biologie.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Overall goals and specific aims of the project were fulfilled. Assembly and structure of heterocomplexes of PI4KB with its regulatory partners and viral protein 3A were solved. Results were published in 4 high-quality journals.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 10, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-GA0-GA-U/02:1
Data delivery date
Jul 23, 2020
Finance
Total approved costs
5,616 thou. CZK
Public financial support
4,734 thou. CZK
Other public sources
882 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
5 616 CZK thou.
Public support
4 734 CZK thou.
84%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 2017 - 31. 12. 2019