Genetic and phenotypic consequences of altitudinal differentiation in wild populations of Arabidopsis
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
Promoting the mobility of researchers and workers in the framework of international cooperation in R&D
Call for proposals
—
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
č.j. MSMT-794/2018-13
Alternative language
Project name in Czech
Genetické a fenotypické důsledky výškové diferenciace divokých populací modelového rodu Arabidopsis
Annotation in Czech
Výzkumné (min. 2 publikace v SCI časopisech) Hlavním cílem projektu je objasnění souhry mezi geneticky podmíněnými a nepodmíněnými mechanismy a prostředím v evoluci alpských ekotypů. S využitím dostatečného množství nasbíraných populací, transplantačních pokusů a masivně paralelelního sekvenování genomů, plánujeme zodpovědět následující otázky: I. Liší se příspěvek genotypu vs. plasticity v pozorovaných alpských fenotypech napříč nezávislými horskými regiony? Vykazují alpské populace lokální adaptace? • Odhalíme efekty dědičných a nedědičných interakcí mezi fenotypem a alpským prostředím v transplantačním experimentu, který bude zahrnovat rostliny ze zájmových horských regionů. II. Jaké jsou populačně-genetické důsledky kolonizace horských stanovišť? Vykazují horské populace redukci genetické diverzity v důsledku bottlenecku? • Použijeme SNPs z celogenomového sekvenování, abychom identifikovali stopy minulých demografických procesů v současné genetické struktuře horských populací. III. Je selekce v rámci jednoho druhu cílená na stejné genomické regiony mezi nezávislými alpskými kolonizacemi? Jsou kandidátní regiony pro selekci spojené s odlišnostmi v lokálních podmínkách prostředí a/nebo fenotypickými znaky? • S využitím celogenomového sekvenování 16 populací (sekvenace placena z jiných zdrojů) stanovíme úroveň genetické diferenciace napříč odišnými genovými regiony ajejich korelaci se sledovanými znaky. Výukové - přednášky věnované projektu na partnerských pracovištích: výměna metodických zkušeností a prezentace výsledků (P. Schönswetter, E. Zaveska v Praze; G. Wos, F. Kolář v Innsbrucku) - publikace popularizačního článku o vlivu selekce prostředí na ekologické a morfologické vlastnosti rostlin (čas. Živa)
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10611 - Plant sciences, botany
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EF - Botany
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
This project was being realized in the framework of the MOBILITY Activity that aims primarily on establishing and strenghtening ties with foreign research institutions. The control of particular outputs is not implemented by the evalution committee, but the correctness of allocated finances and the adequacy of their use are checked.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2018
Realization period - end
Dec 31, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 25, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-MSM-8J-U/01:1
Data delivery date
Jun 24, 2020
Finance
Total approved costs
173 thou. CZK
Public financial support
173 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK