Utilization of neutron diffraction in the study of protonation in protein – nucleic acid interactions
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
Promoting the mobility of researchers and workers in the framework of international cooperation in R&D
Call for proposals
—
Main participants
Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
MSMT – 16071/2023-41
Alternative language
Project name in Czech
Využití neutronové difrakce při studiu protonace v interakcích protein – nukleová kyselina
Annotation in Czech
Hlavní cíl Pomocí neutronových difrakčních studií našich modelových systémů chceme lokalizovat pozici vodíku/protonu v interakcích protein-nukleová kyselina. Plánujeme zavést takové experimentální postupy, které povedou k přípravě dostatečně kvalitních vzorků a následně k získání dat pro řešení tohoto problému. Konkrétní cíle 1. Optimalizace růstu krystalů nukleas S1/P1 v komplexu s nukleovými kyselinami a jejich následná deuterace pro studie neutronové difrakce. Krystaly měřené pomocí neutronové difrakce musí splňovat speciální podmínky. Pro měření je důležitý poměrně velký objem krystalu, který musí být mnohem větší ve srovnání s krystaly používanými pro standardní rentgenové difrakční experimenty. Velký objem je nutný pro kompenzaci relativně nízkého toku neutronů a slabého rozptylu. Příprava velkých krystalů difraktujících do dostatečného rozlišení vyžaduje rozsáhlou optimalizaci. Jako vhodné byly pro tento projekt vybrány nukleasy typu S1/P1, protože tvoří komplexy se všemi přírodními nukleotidy, jejichž struktury jsou známé a máme s jejich chováním dlouholeté experimentální zkušenosti. Umíme již připravit krystaly těchto komplexů ve velikostech vhodných pro předběžné experimenty pomocí neutronové difrakce. 2. Neutronové difrakční studie monokrystalů nukleas typu S1/P1 v komplexu s nukleovými kyselinami. Neutrony se rozptylují na atomech vodíku (deuteria) se zhruba stejnou intenzitou jako na ostatních hlavních biologických prvcích (uhlík, dusík, kyslík). S využitím této vlastnosti neutronové difrakce budeme schopni přesně určit polohy vodíků/protonů a studovat jejich zapojení a roli v interakcích protein – nukleová kyselina.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - secondary branch
10610 - Biophysics
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
BO - Biophysics<br>CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project was implemented within the framework of the MOBILITY Activity, whose main objective is to establish and deepen contacts with foreign research institutions. Therefore, the partial outputs of the project are not checked by the evaluation committee, but the correctness of the use of the allocated funds and the adequacy of their use are checked.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2024
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 11, 2025
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP26-MSM-8J-U
Data delivery date
Jun 30, 2026
Finance
Total approved costs
180 thou. CZK
Public financial support
180 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK