Upgrade of the Czech Centre for Phenogenomics: developing towards translation research

Provider

Ministry of Education, Youth and Sports

Programme

—

Call for proposals

—

Main participants

Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.

Contest type

OP - EU Operational Programme

Contract ID

16_013/0001789_01

Project name in Czech

Upgrade Českého centra fenogenomiky: vývoj k translačnímu výzkumu

Annotation in Czech

Hlavním cílem tohoto projektu je rozvinout naši výzkumnou infrastrukturu CCP s ohledem na technické vybavení, kapacitu, odbornost i vlastní odborné týmy. Rozvoj cílíme na zlepšení fenotypizačních možností tím, že pořídíme nová, velká zařízení a technologie, abychom byli schopni získávat výstupy a výsledky z fenotypizace nejen efektivněji, ale abychom zvýšili i množství získaných dat, což by nám umožnilo sledovat komplexní vlastnosti a genetické sítě zapojené ve vývoji lidských onemocnění. Ke zvýšení úrovně CCP budou sloužit i naše výzkumné aktivity popsané v grantovém projektu a tedy nepůjde jen o pořízení nových přístrojů, ale také ke zlepšení celé technologické platformy i se znalostmi (včetně protokolů, SOP, databází a biobanky) zaměřené zejména na proces stárnutí (hledání genů zapojených do tohoto děje) a onkologii (xenografty pacientů, PDX). Tento výzkum, zaměřený na vývoj a zavedení nových technologií a inovací, bude podpořen založením skupiny bioinformatiky, která představuje hlavní zlepšení v možnostech efektivní a přesné analýzy dat. Celkový cíl má několik podcílů (viz studie proveditelnosti): - Pokročilá fenotypizace procesu stárnutí vybraných mutant a bioinformatika. - Dynamika metabolomiky a změny v metabolismu spojené se stárnutím. - Fenotypizační jednotka PDX modelů - Nové statistické metody, vizualizační techniky a dynamické webové rozhraní pro data z PDX a stárnutí. - Virtuální nástroje, cloud computing a reproducibilní výzkum. - Aplikace metody "deep learning" na genetiku a genomiku a s tím spojený trénink. - Charakterizace nových linií PDX odvozených od pacientů s lymfomy a dalšími lymfoproliferativními maligními nádory. - Nové postupy pro charakterizaci nádorových xenograftů včetně metabolomiky. - Testování medikamentů proti rakovině.

R&D category

IF - RDI infrastructure

CEP classification - main branch

EI - Biotechnology and bionics

CEP - secondary branch

EB - Genetics and molecular biology

CEP - another secondary branch

—

OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30101 - Human genetics<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics

Provider evaluation

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Project results evaluation

The implementation of the project succeeded in establishing new infrastructure platforms of the Czech Center for Phenogenomics for bioinformatics, MALDI imaging and PDX models. The MALDI imaging unit is now able to process a wide range of biological samples, offering advanced analysis of data outputs to domestic and foreign workplaces. It has developed automated tools for editing scans from microCT mouse measurements, set up new procedures and algorithms for the analysis of mass spectrometry data, for the automatic analysis of immunological data and data generated by the MALDI unit. The PDX unit has established new leukemic and pulmonary PDX models that will allow testing of new drugs. For basic and preclinical testing it has developed a number of orthotopic CDX models that can better mimic the original disease and refine and improve the quality of results from these experiments. The unit became part of the EuroPDX consortium and established cooperation with many Czech hospitals.

Realization period - beginning

May 1, 2017

Realization period - end

Dec 31, 2020

Project status

U - Finished project

Latest support payment

Aug 13, 2020

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP21-MSM-EF-U/01:1

Data delivery date

Jun 25, 2021

Total approved costs

62,149 thou. CZK

Public financial support

62,149 thou. CZK

Other public sources

0 thou. CZK

Non public and foreign sources

2,157 thou. CZK