Visualization and processing of 3D images captured by a confocal microscope using graphics processor unit programming and virtual reality
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 11 (SGA02008GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
102/08/0691
Alternative language
Project name in Czech
Vizualizace a zpracování 3D obrazových dat z konfokálního mikroskopu s využitím programování grafické procesorové jednotky a virtuální reality
Annotation in Czech
Cílem projektu je vývoj metodiky pro objemovou rekonstrukci, segmentaci a stereologická měření obrazů získaných laserovým konfokálním mikroskopem z velkých biologických vzorků s využitím trojrozměrného (3D) zobrazování, virtuální reality a programování grafické procesorové jednotky (GPU). Vyvineme programové vybavení realizující objemovou rekonstrukci s ohledem na specifika konfokálních obrazů a daných biologických materiálů: Zaměříme se na zlepšení vizuální kvality obrazů v sériích, horizontální skládání zorných polí a vertikální skládání obrazů následných fyzických řezů ve výslednou digitální reprezentaci preparátu. Navrhneme metodu elastické registrace pro skládání objemů následných fyzických řezů. Vyvineme nové metody interaktivních 3D segmentačních algoritmů, těžících z možnosti zobrazování, jak pomocí objemového renderování, tak pomocí scény ve virtuální realitě. Algoritmy budou založeny na využití tenzorových obrazů s odpovídající úpravou metod 3D-live-wire a graph-cuts. Vyvineme
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
JC - Computer hardware and software
CEP - secondary branch
JD - Use of computers, robotics and its application
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
20204 - Robotics and automatic control<br>20205 - Automation and control systems<br>20206 - Computer hardware and architecture
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
During the project we developed and published an original methodology for volume reconstruction from the confocal data of large biological specimens with correction of undesirable image distortions. This methodology was further extended by using a modernmicroscopic method - OPT (Optical Projection Tomography Microscopy). We performed six time-consuming volume reconstructions from mouse embryos.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2008
Realization period - end
Dec 31, 2010
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 16, 2010
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP11-GA0-GA-U/03:3
Data delivery date
Feb 9, 2015
Finance
Total approved costs
1,826 thou. CZK
Public financial support
1,826 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK