All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Automatic analysis of spatial gene expression patterns

Public support

  • Provider

    Czech Science Foundation

  • Programme

    Standard projects

  • Call for proposals

    Standardní projekty 18 (SGA0201400001)

  • Main participants

    České vysoké učení technické v Praze / Fakulta elektrotechnická

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    14-21421S

Alternative language

  • Project name in Czech

    Automatická analýza prostorových vzorů genové exprese

  • Annotation in Czech

    Zaměříme se na problém automatického zpracování velkého počtu mikroskopických obrazů pro systematický výzkum prostoročasových vzorů genové exprese u ovarií a imaginálních disků mouchy octomilky pro studium regulace genů, s potenciálním využitím pro modelování lidských nemocí. Budeme se zabývat celým řetězcem zpracování od detekce objektů, snímání, segmentace, registrace, identifikace vzorů, jejich shlukování, anotace, až k automatickému zjišťování vztahů v datech. Vyvineme nové metody v oblasti zpracování obrazů, strojového učení a vytěžování dat, abychom byli schopni rychle a robustně zpracovat tento nový typ rozsáhlých dat, která byla zatím zpracovávána pouze ručně nebo poloautomaticky. Díky zaměření na dva rozdílné typy dat z dvou různých mikroskopických modalit budou naše algoritmy dostatečně obecné i pro další nově se objevující aplikace v oblasti systémové biologie týkající se zpracování obrazů.

Scientific branches

  • R&D category

    ZV - Basic research

  • CEP classification - main branch

    IN - Informatics

  • CEP - secondary branch

  • CEP - another secondary branch

  • OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

  • Project results evaluation

    In terms of the project new methods for image segmentation and registration as well as mining in gene expression data were created. The results were published at the international level including high-quality peer-reviewed journals. The achieved results meet international level.

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jan 1, 2014

  • Realization period - end

    Apr 23, 2018

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    Apr 5, 2016

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP19-GA0-GA-U/01:1

  • Data delivery date

    Jun 12, 2019

Finance

  • Total approved costs

    6,149 thou. CZK

  • Public financial support

    6,149 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK