Automatic analysis of spatial gene expression patterns
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 18 (SGA0201400001)
Main participants
České vysoké učení technické v Praze / Fakulta elektrotechnická
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
14-21421S
Alternative language
Project name in Czech
Automatická analýza prostorových vzorů genové exprese
Annotation in Czech
Zaměříme se na problém automatického zpracování velkého počtu mikroskopických obrazů pro systematický výzkum prostoročasových vzorů genové exprese u ovarií a imaginálních disků mouchy octomilky pro studium regulace genů, s potenciálním využitím pro modelování lidských nemocí. Budeme se zabývat celým řetězcem zpracování od detekce objektů, snímání, segmentace, registrace, identifikace vzorů, jejich shlukování, anotace, až k automatickému zjišťování vztahů v datech. Vyvineme nové metody v oblasti zpracování obrazů, strojového učení a vytěžování dat, abychom byli schopni rychle a robustně zpracovat tento nový typ rozsáhlých dat, která byla zatím zpracovávána pouze ručně nebo poloautomaticky. Díky zaměření na dva rozdílné typy dat z dvou různých mikroskopických modalit budou naše algoritmy dostatečně obecné i pro další nově se objevující aplikace v oblasti systémové biologie týkající se zpracování obrazů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
IN - Informatics
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
In terms of the project new methods for image segmentation and registration as well as mining in gene expression data were created. The results were published at the international level including high-quality peer-reviewed journals. The achieved results meet international level.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2014
Realization period - end
Apr 23, 2018
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 5, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP19-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jun 12, 2019
Finance
Total approved costs
6,149 thou. CZK
Public financial support
6,149 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK