Genome wide range mapping of rDNA structure and epigenetic modfications in plant hybrids using third generation single molecule real-time sequencing
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 18 (SGA0201400001)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
14-34632S
Alternative language
Project name in Czech
Studium struktury a epigenetických modifikací rDNA u rostlinných hybridů pomocí třetí generace sekvenování jednotlivých molekul DNA v reálném čase
Annotation in Czech
Geny rRNA jsou v genomu tandemově uspořádány v dlouhých řadách tvořených tisíci téměř identických jednotek. Pouze menší část genů je transkripčně aktivní kdežto zbytek je epigeneticky umlčen. Vzhledem k tomu, že je rDNA lokus nesnadno analyzovatelný klasickými molekulárními přístupy, jsou mechanismy, vedoucí k homogenizaci jednotek a výběru pouze určitých variant pro přepis, nedostatečně pochopeny. Za účelem poznání strukturních rysů, jež se mohou účastnit při zapojení a vypojení transkripce daného genu, hodláme využít nové sekvenační technologie, schopné poskytnout dlouhé sekvence z jediné přirozené DNA molekuly při zachování epigenetických informací. Genetické a epigenetické vlastnosti rRNA genů budou korelovány s transkripční aktivitou v diploidních a allopolyploidních rostlinných druzích. Očekáváme, že získáme originální informace o (i) vztahu mezi prostorově vzdálenými variabilními částmi rRNA genu což může odhalit mezigenomové rekombinace (ii) homogenizaci tandemových řad genů s vysokým rozlišením (iii) úplném methylačním obrazu cytosinů v obou komplementárních vláknech DNA.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project exploited recently formed allopolyploid systems (Tragopogon mirus, Nicotiana tabacum). It confirmed that silenced rRNA genes harbor shorter intergenic spacers with lower number of repeats surrounding transcription initiation site, which is accompanied by changes in DNA methylation. Within the frame of project there were published 3 papers in the international impacted journals.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2014
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 5, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
3,801 thou. CZK
Public financial support
3,801 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK