Genetic and epigenetic features of rDNA intergenic spacers and their potential regulatory functions in the establishment of nucleolar dominance
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-11642S
Alternative language
Project name in Czech
Genetické a epigenetické vlastnosti mezigenových mezerníků ribosomální DNA a jejich možné regulační funkce při ustavení jadérkové dominance
Annotation in Czech
Ačkoli jsou epigenetické mechanismy umlčení rRNA genů (rDNA) dobře známy, zůstává neobjasněno, jak dochází v genetických hybridech k umlčení pouze jednoho homeologního lokusu rDNA - jevu známému jako jadérková dominance (JD). Za účelem objasnění nejasné úlohy opakujících se sekvencí, jež se běžně vyskytují v okolí RNA pol I promotoru, budeme analyzovat řadu transkripčně velmi variabilních variant mezigenového mezerníku (IGS), jež se vyvinuly u allotetraploida Tragopogon mirus. Taková, mezi hybridy dosud nepopsaná, variabilita poskytuje jedinečnou příležitost k odhalení vztahu genetických a epigenetických vlastností obou homeologů rDNA k JD. Pro rozluštění jemných strukturních variací, jež se vyvinuly nejen mezi oběma rDNA homeology, nýbrž i mezi homology s odlišným transkripčním vzorem, budou využity dostatečně dlouhé nukleotidové sekvence získané pomocí technologií NGS třetí generace. Předpokládáme, že získáme indicie, týkající se účasti specifických strukturních faktorů IGS při regulaci aktivity promotoru RNA Pol I a citlivosti rDNA k epigenetickým změnám v hybridních genomech.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project substantially contributed to the knowledge of mechanisms involved in establishing nucleolar dominance and regulating rDNA activity in Tragopogon mirus allotetraploid and other plant species. A large number of new findings was obtained and most of them have already been published – three papers in scientific journals of high quality represent main outcomes of the project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 4, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-GA0-GA-U/02:1
Data delivery date
Jul 23, 2020
Finance
Total approved costs
6,483 thou. CZK
Public financial support
6,105 thou. CZK
Other public sources
378 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK