High resolution genomic analysis of introgression across a species barrier
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 19 (SGA0201500001)
Main participants
Ústav biologie obratlovců AV ČR, v. v. i.<br>Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
15-13265S
Alternative language
Project name in Czech
Introgrese přes druhovou bariéru a její analýza ve vysokém rozlišení
Annotation in Czech
Cílem tohoto projektu je dovodit roli vnitrogenomového konfliktu při vzniku anebo prolomení druhových bariér. Genetické stopy křížení mezi anatomicky moderními lidmi a neandertálci podnítily silný zájem o detailní strukturu introgrese v genomech. Podobný výzkum jsme nedávno koncipovali u jediného hybridizačního systému s odpovídajícím genomovým rozlišením: evropské hybridní zóny domácích myší (HZ). Naše analýza o vysokém rozlišení umožňuje jednoznačné odlišení ancestrálního a introgresního polymorfismu, což je zásadním předpokladem pro pochopení historie druhů. Tento projekt vychází právě z tohoto unikátního genomového zdroje. K tomuto účelu budou využity stávající rozsáhlé databáze vzorků i dat z myší HZ doplněné o cílený sběr nového materiálu. Činnost dosud identifikovaných kandidátních genů bude podrobněji mapována pomocí cílených genetických studií („hybrid enrichment“ technologie) a dalších metod, kombinovaných s laboratorními kříženími a fylogeografickými analýzami kolonizační historie domácích myší.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EG - Zoology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10613 - Zoology<br>10614 - Behavioral sciences biology<br>10615 - Ornithology<br>10616 - Entomology<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project represents another piece of the puzzle of two house mice hybrid zone, this time investigating not only the gene introgression but also specificity of parasites and the shape of their own hybrid zones. Results have broader importance for evolutionary biology. Outputs correspond to the aims and are published in high impact journals. Changes in drawing finances are reasonably justified.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2015
Realization period - end
Nov 29, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 17, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jul 2, 2020
Finance
Total approved costs
9,999 thou. CZK
Public financial support
9,999 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK