Structural and functional analysis of the yeast K+ translocation system(s) encoded by TRK1 and TRK2 genes
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 20 (SGA0201600001)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
16-19221S
Alternative language
Project name in Czech
Strukturní a funkční analýza systémů pro translokaci K+ u kvasinek kódovaných pomocí genů TRK1 a TRK2.
Annotation in Czech
Kvasinkové geny TRK1 a TRK2 kódují absorpční systém(y) draslíkových iontů, které umožňují buňkám růst v médiu obsahujícím pouze několik µM K+. Trk1 a Trk2 patří do rodiny SKT iontových translokačních systémů, které se vyvinuly z předchůdce prokaryotických draslíkových kanálů.Většina SKT proteinů získala cytoplazmatické regulační domény kódované jiným genem, zatímco Trk1,2 obsahují dlouhou hydrofilní smyčku (long hydrophilic loop, LHL) vloženou do peptidového řetězce transmembránové domény. Přestože je sekvence Trk1,2 proteinů známá od roku 1991, jejich struktura ještě není k dispozici. Kromě jejich hlavní role, transportu K+ , jsou proteiny Trk schopné přenášet i ionty Cl-, což vyžaduje multimerizaci několika proteinů Trk1,2.Předkládaný návrh vychází z naší dosavadní práce, ve které jsme vyvinuli propracovaný model transmembránové části Trk1. Projekt je navržen jako kombinovaný experimentální a teoretický (molekulární modelování) přístup ke studiu multimerizačního stavu bílkovin Trk1,2, včetně tvorby heteromerů, role multimerizace v translokaci K+ a C1- a definování role LHL.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
BO - Biophysics
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The authors of this project characterized cation translocation systems Trk1 and Trk2 and demonstrated that Trk1 is functional without a long hydrophilic loop. Their results showed that this loop modulates Trk1 transport properties via influence on a transmembrane helix which can directly modify the size of the pore and selectivity filter. Results of the project were published in BBA-Biomembranes.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2016
Realization period - end
Dec 11, 2020
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 24, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Apr 12, 2021
Finance
Total approved costs
3,676 thou. CZK
Public financial support
3,676 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK