Phylogeography, selection and mutation rate at the whole-genome level: Inference from mtDNA sequences of the house mouse
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 20 (SGA0201600001)
Main participants
Ústav biologie obratlovců AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
16-23773S
Alternative language
Project name in Czech
Fylogeografie, selekce a mutační rychlost na celogenomové úrovni: inference založená na sekvencích mtDNA myši domácí
Annotation in Czech
Mitochondriální DNA je všeobecně používána k detekci druhů a vymezení jejich hranic. U mitochondrií myši domácí však v některých pozoruhodných případech došlo k porušení základních předpokladů a tím ke zpochybnění získaných výsledků. Tento projekt využívá modelový systém Evropské myší hybridní zóny (HMHZ) a nejmodernější NGS techniky k objasnění některých nevyjasněných aspektů evoluce mtDNA. Pozornost bude zaměřena na fylogeografii a kolonizační historii mtDNA haplotypů, jejich introgresi přes HMHZ, frekvenci heteroplasmie, mutační tempo, roli selekce a klíčové fenotypové koreláty. Konkrétně se zaměříme na to, kolik haplotypů vstupuje do HMHZ, které z nich jsou schopny introgrese a které naopak snadno podléhají invazi, jaký je účinek hybridizace na frekvenci heteroplasmie, jaké jsou rozdíly v mutačním tempu mezi funkčními vs nekódujícími oblastmi a zda je frekvence mutací specifická pro různé mitochondriální linie. Tento projekt je unikátní v tom, že umožňuje vhled do mitochondriální evoluce srovnatelný s evolucí člověka, se kterým je domácí myš spojena těsnými synantropními vazbami.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EG - Zoology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10613 - Zoology<br>10614 - Behavioral sciences biology<br>10615 - Ornithology<br>10616 - Entomology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project as been very ambitious and challenging, but despite three years and evaluation postponing, large number of intended tasks still await being published. I also fear that two declared publication have no link to project tasks.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2016
Realization period - end
Dec 11, 2020
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 16, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-U/06:1
Data delivery date
Jun 30, 2021
Finance
Total approved costs
9,979 thou. CZK
Public financial support
9,685 thou. CZK
Other public sources
294 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK