Study of structural and binding properties of TRPM channels
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.<br>Univerzita Karlova / Matematicko-fyzikální fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-04236S
Alternative language
Project name in Czech
Studium strukturních a vazebných vlastností TRPM kanálů
Annotation in Czech
TRP kanály jsou celulární sensory regulované širokým spektrem fyzikálních a chemických stimulů. Mají rovněž úlohu v buněčné regulaci, kdy odpovídají na environmentální podněty a vykazují polymodální vlastnosti. Fosfatidyl- inositol- 4,5- bisfosfát (PIP2) je intracelulární messenger, jehož interakce s proteiny ovlivňují signalizační dráhy. Procesy otevírání a zavírání TRP kanálů jsou regulovány interakcí s PIP2. Identifikace a funkční význam vazebných míst pro PIP2 na intracelulárních koncích N- a C- TRPM kanálů bude předmětem tohoto projektu. Série fúzních proteinů různých délek a mutací na N-a C- koncích kanálů budou využity k charakterizaci vazebných míst pro PIP2 pomocí spektroskopických metod. Data budou korelována s výsledky získanými elektrofysiologickými měřeními, kdy TRPM kanály a jejich mutované formy s PIP2 doménami budou exprimovány v HEK 293 buňkách. Budou vytvořeny homologní modely TRPM kanálů na základě známých struktur TRPV1, TRPV2 a TRPA1 kanálů a prostřednictvím molekulárně dynamických simulací bude zkoumána jejich interakce s PIP2.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
FH - Neurology, neuro-surgery, nuero-sciences
CEP - secondary branch
CE - Biochemistry
CEP - another secondary branch
ED - Physiology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30103 - Neurosciences (including psychophysiology)<br>30105 - Physiology (including cytology)<br>30210 - Clinical neurology
Completed project evaluation
Provider evaluation
O - Nesplněno zadání, smlouva však byla dodržena
Project results evaluation
The subject was study of activation of TRPM channels with signals of calmodulin/S100A1/ PIP. A number of new binding sites for TRPM channels was specified, it was possible to help explain the mechanism of ligand binding in the TRPM channel interface and their properties. The project was prematurely terminated, all targets of the solution could not be reached, the project is evaluated „failed“.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2018
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jun 11, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP19-GA0-GA-U/01:2
Data delivery date
Mar 2, 2020
Finance
Total approved costs
4,246 thou. CZK
Public financial support
3,747 thou. CZK
Other public sources
499 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK