Conformational Equilibria in Nucleic Acids and Force Field Development
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-16107S
Alternative language
Project name in Czech
Konformační rovnováhy v nukleových kyselinách a vývoj empirického potenciálu
Annotation in Czech
Molekulové modelování představuje rychle se rozvíjející doplněk experimentálních studií nukleových kyselin. Cílem našeho návrhu je použití molekulové dynamiky k prohloubení našeho porozumění biologicky důležitým rovnováhám v nukleových kyselinách, jako jsou BI/BII rovnováha v B-DNA, ZI/ZII rovnováha v Z-DNA, alfa/gama substavy v guaninových kvadruplexech a RNA a DNA molekulách, A/B rovnováha v DNA a složitější rovnováhy v konformačních přechodech, nestabilitě konců helixu apod. V poslední době je čím dál zřejmější, že mnohé z těchto rovnováh nejsou současnými empirickými potenciály popsány správně. S příchodem grafických karet a následným výrazným prodloužením rutinních simulačních časů vychází najevo velké množství artefaktů současných silových polí. Jedním z cílů této práce je i studium těchto artefaktů se zaměřením na konformační rovnováhy v nukleových kyselinách a návrh nových empirických potenciálů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2021
Project status
—
Latest support payment
Apr 26, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-R/13:1
Data delivery date
Feb 22, 2021
Finance
Total approved costs
2,563 thou. CZK
Public financial support
2,485 thou. CZK
Other public sources
78 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK