Protein-DNA Complexes and Force Field Development
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202000001
Main participants
Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
20-28231S
Alternative language
Project name in Czech
Komplexy protein-DNA a vývoj empirického potenciálu
Annotation in Czech
Cílem projektu je zkoumat protein-DNA interakce ruku v ruce s vývojem empirického potenciálu pro simulace nukleových kyselin (NK). Současné empirické jsou známy problematickým popisem nekanonických motivů ve strukturách DNA a RNA a máme indicie, které naznačují, že analogické problémy se projevují i v protein-DNA interakcích. Protože systematické studie popisu protein-DNA interakcí empirickými potenciály jsou řídké, rozhodli jsme se vyplnit tuto mezeru a použít získané informace v metodologickém vývoji empirických potenciálů pro NK. Konformační přizpůsobení DNA vážící se k proteinu zahrnuje kromě známých A-DNA-podobných a BII-DNA motivů také některé nekanonické konformace páteře. Právě tyto nekanonické stavy jsou zvláště zajímavé, protože nemohou být efektivně studovány ve volné DNA. Data ze simulací protein-DNA komplexů budou použita k jemnému doladění dihedrálních potenciálů získaných fity kvantově mechanických dat. Tato studie zlepší porozumění protein-DNA interakcím a může poskytnout spolehlivější potenciály pro simulace NK.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10403 - Physical chemistry
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2020
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
—
Latest support payment
Apr 12, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-GA0-GA-R
Data delivery date
Jun 26, 2023
Finance
Total approved costs
2,687 thou. CZK
Public financial support
2,687 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK